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纯洁出版物

主要出版物

如果你想要一个关于Chaster的引文，请使用其中一个，特别是如果你使用Chaster发表论文！

• F.R.Cooper、R.E Baker、M.O.Bernabeu、R.Bordas、L.Bowler、，A.Bueno-Orovio、H.M.Byrne、V.Carapella、L.Cardone Noott、，J.Cooper、S.Dutta、B.D.Evans、A.G.Fletcher、J.A.Grogan、，W.Guo、D.G.Harvey、M.Hendrix、D.Kay、J.Kursawe、P.K.Maini、，B.McMillan、G.R.Mirams、J.M.Osborne、P.Pathmanathan、，J.M.Pitt-Francis、M.Robinson、B.Rodriguez、R.J.Spiteri、，D.J.加瓦根
  贞洁：癌症、心脏和软组织环境
  J.开源软件。5(47):1848,2020.数字对象标识：10.21105/joss.01848.
• G.R.Mirams、C.J.Arthurs、M.O.Bernabu、R.Bordas、J.Cooper、A.Corrias、S.-J.Dunn、A.G.Fletcher、D.G.Harvey、M.E.Marsh、J.M.Osborne、P.Pathmanathan、J.Pitt-Francis、J.Southern、N.Zemzemi、D.J.Gavaghan。
  Chaster：一个用于计算生理学和生物学的开源C++库。
  公共科学图书馆计算。生物。9（3）：e1002970，2013.数字对象标识：10.1371/journal.pcbi.1002970.
• J.Pitt-Francis、P.Pathmanathan、M.O.Bernabeu、R.Bordas、J.Cooper、A.G.Fletcher、G.R.Mirams、P.Murray、J.M.Osborne、A.Walter、S.J.Chapman、A.Garny、I.M.M.van Leeuwen、P.K.Maini、B.Rodriguez、S.L.Waters、J.P.Whiteley、H.M.Byrne、D.J.Gavaghan。
  Chaster：用于生物建模的软件开发的测试驱动方法。
  计算。物理。Commun公司。180（12）：2452-2471，2009.数字对象标识：2016年10月10日/j.cpc.2009.07.019.

查看与Chaster相关的所有出版物在部门数据库中。

关于Chaster的主要出版物

• P.Pathmanathan，R.Gray。
  心脏电生理学计算模型的验证。
  国际期刊数字。方法生物识别。工程师。30（5）:525-544，2014.数字对象标识：10.1002/cnm.2615.
• P.Pathmanathan、M.Bernabu、S.Niederer、D.Gavaghan和D.Kay。
  心脏电生理学的计算模型：解释不同数值求解器结果的可变性。
  国际期刊数字。方法生物识别。工程师。28(8):890-903,2012.数字对象标识：10.1002/cnm.2467.(本地预打印)
• J.Cooper、A.Corrias、D.Gavaghan、D.Noble。
  考虑在心脏组织模拟中使用细胞电生理模型。
  掠夺。生物物理学。分子生物学。107（1）:74-80，2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2011.06.002.(本地预打印)
• J.Cooper、G.Mirams、S.Niederer。
  高通量细胞电生理模型的功能管理。
  掠夺。生物物理学。分子生物学。107(1):11-20,2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2011.06.003.(本地预打印)
• S.A.Niederer、E.Kerfoot、A.P.Benson、M.O.Bernabu、O.Bernus、C.Bradley、E.M.Cherry、R.Clayton、F.H.Fenton、A.Garny、E.Heidereich、S.Land、M.Maleckar、P.Pathmanathan、G.Plank、J.F.Rodriguez、I.Roy、F.B.Sachse、G.Seemann、O.Skavhaug、N.P.Smith。
  使用N版本基准验证心脏组织电生理模拟器。
  菲尔翻译。R.Soc.A公司369(1954):4331-4351,2011.数字对象标识：10.1098/rsta-2011.0139.[注：本文比较了包括Chaster在内的各种心脏电生理解算器的准确性].
• P.Pathmanathan、G.R.Mirams、J.Southern、J.P.Whiteley。
  离子电流积分方法的选择对心脏电生理模拟的重要影响。
  国际期刊数字。方法生物识别。工程师。27(11):1751-1770,2011. 数字对象标识：10.1002/cnm.1438
• P.Pathmanathan、M.O.Bernabeu、R.Bordas、J.Cooper、A.Garny、J.M.Pitt-Francis、J.P.Whiteley和D.J.Gavaghan。
  心脏电生理双畴方程解的数值指南。
  掠夺。生物物理学。分子生物学。102(2-3):136-155,2010.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2010.05.006
• P.Pathmanathan、J.Cooper、A.Fletcher、G.Mirams、P.Murray、J.Osborne、J.Pitt-Francis、A.Walter、S.J.Chapman。
  离散机械组织模型的计算研究。
  物理。生物。6:036001,2009. 数字对象标识：10.1088/1478-3975/6/3/036001.
• I.M.M.van Leeuwen、G.R.Mirams、A.Walter、A.Fletcher、P.Murray、J.Osborne、S.Varma、S.J.Young、J.Cooper、J.Pitt-Francis、L.Momtahan、P.Pathmanathan、J.P.Whiteley、S.J Chapman、D.J.Gavaghan、O.E.Jensen、J.R.King、P.K.Maini、S.L.Waters、H.M.Byrne。
  肠组织更新的综合计算模型。
  细胞增殖。42:617-636,2009. 数字对象标识：10.1111/j.1365-2184.2009.00627.x.
• J.Pitt-Francis、M.O.Bernabeu、J.Cooper、A.Garny、L.Momtahan、J.Osborne、P.Pathmanathan、B.Rodriguez、J.P.Whiteley和D.J.Gavaghan。
  Chaster：使用敏捷编程技术开发计算生物学软件。
  菲尔翻译。R.Soc.A公司366(1878):3111-3136,2008.数字对象标识：10.1098/rsta.2008.096.

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心脏出版物

电生理学

2014

P.Pathmanathan，R.Gray。
心脏电生理学计算模型的验证。
国际期刊数字。方法生物识别。工程师。30(5):525-544,2014.数字对象标识：10.1002/cnm.2615.

2012

• P.Pathmanathan、M.Bernabu、S.Niederer、D.Gavaghan和D.Kay。心脏电生理学的计算模型：解释不同数值求解器结果的可变性。国际期刊数字。方法生物识别。工程师。28(8):890-903,2012.数字对象标识：10.1002/cnm.2467.(本地预打印)
• C.Sanchez、A.Corrias、A.Bueno-Orovio、M.Davies、J.Swinton、I.Jacobson、P.Laguna、E.Pueyo、B.Rodriguez。Na+/K+泵是人类心房组织不应期和转子动力学的重要调节器。美国生理学杂志。心。循环。生理学。302（5）：H1146-H1159，2012.数字对象标识：10​1152/​阿杰法特。​668​2011.
• M.Wallman，N.P.Smith，B.Rodriguez。用于估算心脏激活时间的基于图形、eikonal和单域模拟的比较研究。IEEE传输。生物识别。工程师。59(6):1739-1748,2012.数字对象标识：10.1109/TBME.2012.2193398（待定）

2011

• R.Bordas、K.Gillow、Q.Lou、I.R.Efimov、D.Gavaghan、P.Kohl、V.Grau、B.Rodriguez。包括特殊传导系统在内的心脏电生理功能兔特异性心室模型。掠夺。生物物理学。分子生物学。107(1):90-100,2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2011.05.002
• J.Cooper、G.Mirams、S.Niederer。高通量细胞电生理模型的功能管理。掠夺。生物物理学。分子生物学。107(1):11-20,2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2011.06.003.(本地预打印)
• A.Corrias，W.Giles，B.Rodriguez。家兔浦肯野纤维电生理特性和复极异常的离子机制。美国生理学杂志。心。循环。生理学。300（5）：H1806-H1813，2011.数字对象标识：10​1152/​阿杰法特。​1170​2010.
• S.Dutta、M.Bishop、P.Pathmanathan、P.Lee、P.Kohl、T.Quinn、B.Rodriguez。解释缺血性心脏中的光学成像记录：一项实验和计算相结合的研究。心脏的功能成像和建模6666:20-27中，2011.数字对象标识：10.1007/978-3-642-21028-0_3.
• G.R.Mirams、Y.Cui、A.Sher、M.Fink、J.Cooper、B.M.Heath、N.C.McMahon、D.J.Gavaghan、D.Noble。多离子通道阻滞的模拟提高了化合物临床致扭转风险的早期预测。心血管。物件。91(1):53-61,2011. 数字对象标识：10.1093/cvr/CVR044.
• S.A.Niederer、E.Kerfoot、A.P.Benson、M.O.Bernabu、O.Bernus、C.Bradley、E.M.Cherry、R.Clayton、F.H.Fenton、A.Garny、E.Heidereich、S.Land、M.Maleckar、P.Pathmanathan、G.Plank、J.F.Rodriguez、I.Roy、F.B.Sachse、G.Seemann、O.Skavhaug、N.P.Smith。使用N版本基准验证心脏组织电生理模拟器。菲尔翻译。R.Soc.A公司369(1954):4331-4351,2011.数字对象标识：10.1098/rsta-2011.0139.[注：本文比较了包括Chaster在内的各种心脏电生理解算器的准确性].
• P.Pathmanathan、G.R.Mirams、J.Southern、J.P.Whiteley。离子电流积分方法的选择对心脏电生理模拟的重要影响。国际期刊数字。方法生物识别。工程师。27(11):1751-1770,2011. 数字对象标识：10.1002/cnm.1438
• E.Pueyo、A.Corrias、L.Virag、N.Jost、T.Szel、A.Varro、N.Szentandrassy、P.P.Nanasi、K.Burrage、B.Rodriguez。复极变异性及其在心律失常发生中的作用的多尺度研究。生物物理学。J。101(12):2892-2902,2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.bpj.2011.09.060.
• M.Wallman、N.Smith、B.Rodriguez。使用基于图形的方法估计心脏组织的激活时间。心脏的功能成像和建模6666:71-79中，2011.数字对象标识：10.1007/978-3-642-21028-0_9.
• N.Zemzemi、M.Bernabeu、J.Saiz和B.Rodriguez。模拟药物对心脏的影响：从离子通道到体表心电图。心脏的功能成像和建模6666:259-266,2011.数字对象标识：10.1007/978-3-642-21028-0_32.

2010

• D.Abramson、M.O.Bernabeu、B.Bethwaite、K.Burrage、A.Corrias、C.Enticott、S.Garic、D.Gavaghan、T.Peachey、J.Pitt Francis、E.Pueyo、B.Rodriguez、A.Sher和J.Tan。网格上的高吞吐量心脏科学。菲尔翻译。R.Soc.A公司368(1925):3907-3923,2010.数字对象标识：10.1098/rsta.2010.0170.
• M.O.Bernabu、P.Pathmanathan、J.M.Pitt-Francis、D.Kay。刺激协议为双域方程确定了计算效率最高的预条件。IEEE传输。生物识别。工程师。57(12):2806-2815,2010.数字对象标识：10.1109/TBME.2010.2078817（待定）
• M.O.Bernabu、M.Wallman和B.Rodriguez。休克诱发的人类心脏心律失常：一项计算模型研究。在医学和生物学会工程（EMBC，2010年IEEE年度国际会议）760-763,2010.
• R.Bordas、V.Grau、R.A.B.Burton、P.Hales、J.E.Schneider、D.Gavaghan、P.Kohl、B.Rodriguez。心脏浦肯野系统解剖变异性研究的综合方法：从高分辨率MRI到电生理模拟。在医学和生物学会工程（EMBC），2010年IEEE年度国际会议，第6793-6796页，2010.
• A.Corrias、E.Pueyo、K.Burrage、B.Rodriguez。心室复极变异的原因：从孤立细胞到心电图。心脏节律,2010.(摘要)
• A.Corrias、X.Jie、L.Romero、M.J.Bishop、M.Bernabeu、E.Pueyo、B.Rodriguez。用于评估药物心脏毒性的心律失常风险生物标记物：从实验到计算机模拟。菲尔翻译。R.Soc.A公司368(1921):3001-3025,2010. 数字对象标识：10.1098/rsta.2010.0083,
• P.Pathmanathan、M.O.Bernabeu、R.Bordas、J.Cooper、A.Garny、J.M.Pitt-Francis、J.P.Whiteley和D.J.Gavaghan。心脏电生理双畴方程解的数值指南。掠夺。生物物理学。分子生物学。102(2-3):136-155,2010.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2010.05.006
• B.Rodriguez、K.Burrage、D.Gavaghan、V.Grau、P.Kohl、D.Noble。药物开发的系统生物学方法：应用于心脏药物的毒性评估。临床。药理学。疗法。88(1):130-134,2010.数字对象标识：10.1038/clpt.2010.95.
• B.罗德里格斯。复极变异性和异常的多尺度建模和模拟研究：在药物心脏毒性中的应用。在心脏病学中的计算机, 37:257-260,2010.
• C.Sanchez、A.Corrias、P.Laguna、E.Pueyo、B.Rodriguez。心房颤动相关生物标记物对离子电流特性变化的敏感性。心脏节律,2010.(摘要)
• C.Sanchez、A.Corrias、P.Laguna、M.Davies、J.Swinton、I.Jacobson、E.Pueyo和B.Rodriguez。心房颤动的潜在药物治疗。一项计算研究。在心脏病学中的计算机, 37:413-416,2010.
• J.Southern、G.J.Gorman、M.D.Piggott、P.E.Farrell、M.O.Bernabeu和J.Pitt-Francis。使用各向异性网格自适应性模拟心脏电生理。J.计算。科学。1(2):82-88,2010.数字对象标识：2016年10月10日/j.jocs.2010.03.010.

2009

• M.O.Bernabeu、R.Bordas、P.Pathmanathan、J.Pitt-Francis、J.Cooper、A.Garny、D.J.Gavaghan、B.Rodriguez、J.A.Southern、J.P.Whiteley。Chaster：将一种新的多尺度时空算法整合到大型开源库中。菲尔翻译。R.Soc.A公司367（1895）：1907年至1930年，2009.数字对象标识：10.1098/rsta.2008.0309.
• M.O.Bernabeu、A.Corrias、J.Pitt-Francis、B.Rodriguez、B.Bethwaite、C.Enticott、S.Garic、T.Peachey、J.Tan、D.Abramson、D.Gavaghan。基于3D解剖模型的ECG离子通道阻塞效应网格计算模拟。心脏病学中的计算机, 36:213-216,2009.PDF格式.

2008

• M.O.Bernabu、M.J.Bishop、J.Pitt-Francis、D.J.Gavaghan、V.Grau和B.Rodriguez。三维心脏模型中生物功能的高性能计算机研究，结合纤维方向和细胞旁分辨率的真实几何形状。心脏病学中的计算机, 35:721-724,2008数字对象标识：10.1109/CIC.2008.4749143.
• J.Pitt-Francis、M.O.Bernabeu、J.Cooper、A.Garny、L.Momtahan、J.Osborne、P.Pathmanathan、B.Rodriguez、J.P.Whiteley和D.J.Gavaghan。Chaster：使用敏捷编程技术开发计算生物学软件。菲尔翻译。R.Soc.A公司366(1878):3111-3136,2008.数字对象标识：10.1098/rsta.2008.096.

机电

• P.Pathmanathan、S.J.Chapman、D.J.Gavaghan和J.P.Whiteley。心脏电力学：收缩模型对数学问题和数值方案准确性的影响。Q.J.机械。申请。数学。63(3):375-399,2010.数字对象标识：10.1093/qjmam/hbq014.
• P.Pathmanathan和J.P.Whiteley。心脏机械电模拟的数值方法。安。生物识别。工程师。37(5):860-873,2009.数字对象标识：2017年10月10日/2010年10月39日-009-963-8.

幽门螺杆菌

• J.Cooper、A.Corrias、D.Gavaghan、D.Noble。考虑在心脏组织模拟中使用细胞电生理模型。掠夺。生物物理学。分子生物学。107(1):74-80,2011.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2011.06.002.(本地预打印)
• J.库珀。生物模型的自动验证和优化。牛津大学博士Phil论文,2009.ORA记录.(本地副本)
• J.Cooper，S.McKeever。物理单位自动转换的模型驱动方法。柔和。实际。专家。38(4):337-359,2008.数字对象标识：10.1002/spe.828.
• J.Cooper、S.McKeever、A.Garny。关于部分评估在心脏电生理模拟优化中的应用。在2006年政治公众人物会议：2006年ACM SIGPLAN部分评估和基于语义的程序操作研讨会会议记录12-20,2006.数字对象标识：10.1145/1111542.1111546.

基于细胞的出版物

2013

• S.-J.Dunn、I.S.Näthke、J.M.Osborne。计算模型揭示了细胞在地穴中迁移的被动机制。PLOS ONE系列8:e80516，2013.数字对象标识：10.1371/日志.pone.0080516.
• A.G.Fletcher、J.M.Osborne、P.K.Maini、D.J.Gavaghan。在一致的计算框架内实现生物学中细胞种群的顶点动力学模型。掠夺。生物物理学。分子生物学。113:299-326,2013.数字对象标识：2016年10月10日/j.pbiomolbio.2013.09.003.
• Y.Davit、J.M.Osborne、H.M.Byrne、D.J.Gavaghan和J.M.Pitt-Francis。Cauchy-Born规则应用于生物组织的离散细胞尺度模型的有效性。物理。版本E87(4):042724,2013.数字对象标识：10.1103/物理版E.87.042724.
• G.P.Figueredo、T.V.Joshi、J.M.Osborne、H.M.Byrne和M.R.Owen。开放源码Chaster框架内基于On-lattice agent的细胞种群模拟。界面焦点3(2):20120081,2013.数字对象标识：10.1098/rsfs.2012.0081.

2012

• S.-J.Dunn、A.G.Fletcher、S.J.Chapman、D.J.Gavaghan、J.M.Osborne。模拟结肠上皮基底膜的作用。J.西奥。生物。298:82-91,2012.数字对象标识：2016年10月10日/j.jtbi.2011年12月13日.
• S.-J.Dunn、P.L.Appleton、S.A.Nelson、I.S.Näthke、D.J.Gavaghan、J.M.Osborne。结肠隐窝的二维模型解释了基底膜和隐窝周围成纤维细胞鞘的作用。公共科学图书馆计算。生物。8（5）：e1002515，2012.数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1002515.
• A.G.Fletcher、C.J.Breward、S.J.Chapman。结肠隐窝中单克隆转化的数学模型。J.西奥。生物。300:118-133,2012.数字对象标识：10.1016/j.jtbi.2012.01.021.
• G.R.Mirams、A.G.Fletcher、P.K.Maini、H.M.Byrne。结肠隐窝中增殖和粘附对单克隆转化影响的理论研究。J.西奥。生物。, 312:143-156,2012.数字对象标识：2016年10月10日/j.jtbi.2012.08.002.
• M.A.Slaymaker、J.M.Osborne、A.C.Simpson、D.J.Gavaghan。支持共享和聚合发布前和发布后系统生物研究数据的基础设施。系统。合成。生物。6:35-49,2012.数字对象标识：2007年10月17日/11693-012-9095-x.

2011

• P.J.Murray、A.Walter、A.G.Fletcher、C.M.Edwards、M.J.Tindall、P.K.Maini。比较肠隐窝的离散和连续模型。物理。生物。8:026011,2011.数字对象标识：10.1088/1478-3975/8/2/026011.

2010

• A.G.Fletcher、G.R.Mirams、P.J.Murray、A.Walter、J.-W.Kang、K.-H.Cho、P.K.Maini、H.M.Byrne。结肠隐窝和早期结直肠癌的多尺度建模。T.S.Deisboeck和G.Stamatakos（编辑）多尺度癌症建模111-134,CRC出版社，2010.国际标准图书编号：9781439814406。
• P.J.Murray、J.W.Kang、G.R.Mirams、S.Y.Shin、H.M.Byrne、P.K.Maini和K.H.Cho。肠隐窝中空间调控连环蛋白动力学和入侵的建模。生物物理学。J。99(3):716-725,2010. 数字对象标识：2016年10月10日/j.bpj.2010.05.016.
• J.M.Osborne、A.Walter、S.K.Kershaw、G.R.Mirams、A.G.Fletcher、P.Pathmanathan、D.J.Gavaghan、O.E.Jensen、P.K.Maini、H.M.Byrne。癌症多尺度建模的混合方法。菲尔翻译。R.Soc.A公司368:5013-5028,2010.数字对象标识：1998年10月10日/2010年1月73日.

2009

• P.Pathmanathan、J.Cooper、A.Fletcher、G.Mirams、P.Murray、J.Osborne、J.Pitt-Francis、A.Walter、S.J.Chapman。离散机械组织模型的计算研究。物理。生物。6:036001,2009. 数字对象标识：10.1088/1478-3975/6/3/036001.
• I.M.M.van Leeuwen、G.R.Mirams、A.Walter、A.Fletcher、P.Murray、J.Osborne、S.Varma、S.J.Young、J.Cooper、J.Pitt-Francis、L.Momtahan、P.Pathmanathan、J.P.Whiteley、S.J Chapman、D.J.Gavaghan、O.E.Jensen、J.R.King、P.K.Maini、S.L.Waters、H.M.Byrne。肠组织更新的综合计算模型。细胞增殖。42:617-636,2009. 数字对象标识：10.1111/j.1365-2184.2009.00627.x号.