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暮光

局部错误发现率的估计


生物导体版本:释放(3.18)

在具有在两种条件下观察到的基因表达数据的典型微阵列设置中,局部错误发现率描述了给定相应的观察得分或p值水平的基因在两种情况下没有差异表达的概率。p值与局部错误发现率的结果曲线提供了对明确差异和明确非差异基因表达之间的模糊地带的洞察力。“twillight”包包含两个主要函数:函数twillight.pval对给定输入矩阵或表达式集的平均值差异执行双条件测试,并计算基于置换的p值。函数twillight执行随机下坡搜索,以估计局部错误发现率和影响大小分布。该包还提供了用于过滤正确描述空分布的排列的方法。使用过滤排列,可以减少隐藏混杂因素的影响。

作者:斯蒂芬妮·谢伊德(Stefanie Scheid)

维护人员:斯蒂芬妮·谢伊德(Stefanie Scheid)

引文(从R中输入引文(“暮色”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“twillight”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“暮色”)
局部错误发现率的估计 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 差异表达式微阵列多重比较软件
版本 1.78.0
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=2.10),花键(>=2.2.0),统计(>=2.20),博科生物(>= 1.12.0)
进口 博科生物,图形,grDevices,统计
系统要求
统一资源定位地址 http://compdiag.molgen.mpg.de/software/twillight.shtml
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建议 golubEsets公司(>=1.4.2),vsn(vsn)(>= 1.7.2)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 暮色_1.78.0.tar.gz
Windows二进制 暮色_1.78.0.zip
macOS二进制(x86_64) 旋转_1.78.0.tgz
macOS二进制(arm64) 暮色_1.78.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twillight
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/曙光
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/twilight网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/twillight/
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