##----echo=FALSE，results=“hide”，message=FALSE--------------------------------要求（knitr）opts_chunk$set（错误=假，消息=假，警告=假）## -----------------------------------------------------------------------------库（chipseqDBData）h3k9ac.paths<-H3K9acData（）h3k9ac.通道## -----------------------------------------------------------------------------库（Rsamtools）诊断<-list（）对于（i在seq_len中（nrow（h3k9ac.paths））{stats<-scanBam（h3k9ac.paths$Path[[i]]，param=ScanBamParam（what=c（“mapq”，“flag”））标志<-stats[[1]]$flagmapq<-stats[[1]$mapq映射<-bitwAnd（标志，0x4）==0诊断[[h3k9ac.paths$名称[i]]]<-c(总计=长度（标志），映射=总和（映射），HighQual=总和（mapq>=10&mapped），DupMarked=总和（位And（标志，0x400）=0))}diag.stats<-data.frame（do.call（rbind，diagnostics））diag.stats$Prop.mapped<-diag.stats$映射/diag.stats$总计*100diag.stats$属性标记<-diag.stats$DupMarked/diag.stats$Mapped*100诊断状态## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo（）