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裂变

Leong等人,Nat Commun,2014,裂变酵母响应压力的时间进程RNA-Seq的范围总结实验。


生物导体版本:释放(3.18)

本软件包提供了一个RangedSummarizedExperiment对象,用于裂变酵母(裂殖酵母)响应0、15、30、60、120和180分钟氧化应激(1M山梨醇处理)的时间历程RNA-Seq实验。样本进一步分为野生型组和删除atf21的组。阅读计数矩阵由研究作者编制并提供:Leong HS、Dawson K、Wirth C、Li Y、Connolly Y、Smith DL、Wilkinson CR、Miller CJ。“一个全球非编码RNA系统调节裂变酵母蛋白水平以应对压力”。国家公社2014年5月23日;5:3947. PMID:24853205。地理位置:GSE56761。

作者:迈克尔·洛夫

维护人员:迈克尔·洛夫(Michael Love)<michaelisaiahlove at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“裂变”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::安装(“裂变”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“裂变”)
裂变酵母时间进程 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 实验数据,地理位置,基因组,RNASeq数据,酿酒酵母_酿酒_数据,排序数据
版本 1.22.0
许可证 LGPL公司
取决于 R(>=2.10),总结性实验
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程序包档案

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源程序包 裂变_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/裂变
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/裂变
包短Url https://bioconductor.org/packages/fission/
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