##----设置，echo=FALSE--------------------------------------------------------knitr:：opts_chunk$set（消息=FALSE，图路径='figures/'）##----整洁=真，评估=假------------------------------------------------#if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））#install.packages（“BiocManager”）# ##下一行初始化了Bioc-devel的用法，因此应该##跳过以安装稳定版本#BiocManager:：安装（版本=“级别”）# #BiocManager:：install（“ncRNAtools”）##----包含=错误----------------------------------------------------------库（ncRNAtools）库（GenomicRanges）库（I区域）库（S4Vectors）库（ggplot2）##----整洁=真--------------------------------------------------------------rnaCentralTextSearch（“HOTAIR”）##----整洁=真--------------------------------------------------------------rnaCentralTextSearch（“FMN和物种：”枯草芽孢杆菌“”）##----整洁=真--------------------------------------------------------------rnaCentralRetrieveEntry（“URS000037084E_1423”）##----tidy=TRUE，tidy.opts=list（width.cutoff=80）---------------------------##生成一个具有基因组范围的GRanges对象，用于搜索RNA中心数据库基因组坐标<-基因组范围：：GRanges（seqnames=S4Vectors:：Rle（c（“chrC”，“chrD”）），范围=I范围：：I范围（c（200000，500000），c（300000，550000））##使用生成的GRanges对象搜索RNAcentral数据库RNAcentralHits<-rnaCentralGenomicCoordinatesSearch（基因组坐标，“Yarrowia lipolytica”）##检查每个提供的基因组范围内的点击数长度（RNAcentralHits[1]]）#22已知的ncRNA位于C染色体的200000和300000位置之间长度（RNAcentralHits[2]）#D染色体500000和550000位置之间没有已知的ncRNA##----整洁=真--------------------------------------------------------------tRNA片段<-“UGCGAGGCACAGGGGUUCGAUCCUGCUCCCA”质心折叠预测<-预测二级结构（tRNA片段，“质心折叠”）centroidFoldPrediction次级结构centroidHomFold预测<-预测二级结构（tRNA片段，“centroidHomFold”）centroidFoldPrediction$secondaryStructureIPknotPrediction<-预测二级结构（tRNA片段，“IPknot”）IPknot预测$secondaryStructure##----整洁=真--------------------------------------------------------------tRNA片段2<-“AAAGGGGUUUCCC”环WP预测<-预测替代二级结构（tRNA片段2）长度（RintWPredication）#RintW总共识别了2个备选二级结构RintWPredication[[1]]$secondaryStructure（环WP预测）RintWPredication[[2]]$secondaryStructure（环WP预测[2]）##----整洁=真--------------------------------------------------------------basePairProbabilityMatrix<-generatePirsProbability Matrix（centroidFoldPrediction$basePairProbabilities）图对概率矩阵（basePairProbabilityMatrix）##----整洁=真--------------------------------------------------------------pairedBases<-findPairedBases（序列=tRNA片段，secondaryStructureString=IPknotPrediction$secondaryStructure）plotCompositePirsMatrix（basePairProbabilityMatrix，pairedBases）##----整洁=真--------------------------------------------------------------##读取与大肠杆菌tmRNA对应的CT文件示例exampleCTFile<-system.file（“extdata”，“exampleCT.ct”，package=“ncRNAtools”）tmRNA序列<-“GGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUGGGAUGCGAACCAAGGGGGUGCGCGGUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAAAGUACAACGACGAAAACUACGCUUAGCAGCUUAAACCUGGGGCUAGAGAGCCCUCCCCUCCGCUCUCUCUCUUAGGAGGAGGGAGAGAGAACCAGAGAGACAGAGAACGAGAGAGCGGAGCGUAGAGCCCUGCGGGGAAGAGAGAGGAGCGUGCGUAAAGCGUACAAAGCGUUAACGUAACGGUAGCGUAGCUGUAGGGUAGGAGCGCGUAGUAGCGCGUGGGCGGUACAGAGCGGGAGCUGGUAGAGAGAGUACUAAGCAUGUACCAGAGAGAGUAGUAGAAUUUCGGACGCGGGGGUUCAACUC公司CCGCCAGCUCCCAC“tmRNASecondaryStructure<-readCT（例如CTFile，tmRNASequence）##为大肠杆菌tmRNA编写完整的CT文件临时目录<-tempDir（）testCTFile<-粘贴（tempDir，“testCTFile.ct”，sep=“”）tmRNASecondaryStructureString<-pairsToSecondaryStructure（pairedBases=tmRNASecondaryStructure$pairsTable，sequence=tmRNASequence）写入CT（testCTFile，sequence=tmRNASequence，二级结构=tmRNA二级结构字符串，序列名称=“tmRNA”）##阅读示例Dot-Black文件exampleDotBracketFile<-system.file（“extdata”，“exampleDotBracket.dot”，package=“ncRNAtools”）示例点括号<-readDotBracket（示例点括号文件）示例DotBracket$freeEnergy#结构的自由能为-41.2 kcal/mol##编写点拍文件tempDir2<-tempdir（）testDotBracketFile<-paste（tempDir2，“testDot BracketFile.dot”，sep=“”）writeDotBracket（testDotBracketFile，sequence=exampleDotBracket$sequence，secondaryStructure=exampleDotBracket$secondaryStructure，sequenceName=“测试序列”）##----整洁=真--------------------------------------------------------------extendedDotBracketString<-“…（（（..[[.）））]]]…”plainDotBracketString<-扁平点括号（扩展点括号字符串）##----整洁=真--------------------------------------------------------------sessionInfo（）