##----消息=假,警告=假---------------------------------------------图书馆(抓取机)库(ggplot2)## -----------------------------------------------------------------------------种子(123)数据<-makeExampleData(n=500,p=800,g=4,pis=c(0.05、0.1、0.05、0.1),伽马=c(0.1、0.1、10、10))#训练数据集Xtrain<-数据$X[1:400,]ytrain<-data$y[1:400]#特征到组的注释annot<-data$annot#测试数据集X测试<-数据$X[401:500,]y测试<-data$y[401:500]## -----------------------------------------------------------------------------fit<-graper(Xtrain、ytrain、annot、,n_rep=3,verbose=FALSE,th=0.001)适合## -----------------------------------------------------------------------------plotELBO(适合)## -----------------------------------------------------------------------------plotPosterior(拟合,“gamma”,gamma0=数据$gammas,范围=c(0,20))plotPosteror(fit,“pi”,pi0=数据$pis)## -----------------------------------------------------------------------------#获取系数(无截距)β<-系数(拟合,include_intercept=假)#beta<-fit$EW_beta#估计图与真实βqplot(beta,数据$beta)+坐标_固定()+主题_bw()## -----------------------------------------------------------------------------#获取截距截距<-fit$截距## -----------------------------------------------------------------------------#获取每个特征的估计后验包含概率pips<-getPIPs(适合)#绘制零与非零要素的pipdf<-data.frame(pips=pips,非零=数据$beta!=0)ggplot(df,aes(x=非零,y=点,col=非零)+geom_jitter(高度=0,宽度=0.2)+theme_bw()+ylab(“后验包含概率”)## -----------------------------------------------------------------------------plotGroupPenalties(适合)## -----------------------------------------------------------------------------preds<-预测(拟合,Xtest)qplot(preds,ytest)+坐标_固定()+主题_bw()## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo()