##----评估=错误---------------------------------------------------------------#if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））#install.软件包（“BiocManager”）#生物管理器：：安装（“gdsfmt”）##----评估=错误---------------------------------------------------------------#库（“devtools”）#安装github（“zhengxwen/gdsfmt”）## -----------------------------------------------------------------------------库（gdsfmt）gfile<-createfn.gds（“test.gds”）##----回波=假---------------------------------------------------------------设定种子（1000）## -----------------------------------------------------------------------------add.gdsn（gfile，“int”，val=1:10000）add.gdsn（gfile，“double”，val=seq（1，1000，0.4））add.gdsn（gfile，“character”，val=c（“int”，“double”，“logical”，“factor”））add.gdsn（gfile，“逻辑”，val=rep（c（TRUE，FALSE，NA），50），visible=FALSE）add.gdsn（gfile，“factor”，val=as.factor（c（NA，“AA”，“CC”）），可见=假）add.gdsn（gfile，“bit2”，val=样本（0:3，1000，replace=TRUE），storage=“比特2”）#列表和data.frameadd.gdsn（gfile，“list”，val=list（X=1:10，Y=seq（1,10,0.25））add.gdsn（gfile，“data.frame”，val=数据.frame（X=1:19，Y=seq（1，10，0.5））## -----------------------------------------------------------------------------文件夹<-addfolder.gdsn（gfile，“文件夹”）add.gdsn（文件夹，“int”，val=1:1000）add.gdsn（文件夹，“double”，val=seq（1100,0.4），可见=FALSE）## -----------------------------------------------------------------------------g文件## -----------------------------------------------------------------------------打印（gfile，all=TRUE）## -----------------------------------------------------------------------------index.gdsn（gfile，“int”）index.gdsn（gfile，“list/Y”）index.gdsn（gfile，“文件夹/int”）## -----------------------------------------------------------------------------#关闭GDS文件关闭fn.gds（gfile）## -----------------------------------------------------------------------------gfile<-createfn.gds（“test.gds”）## -----------------------------------------------------------------------------n<-add.gdsn（gfile，“I1”，val=矩阵（1:15，nrow=3））显示（n）## -----------------------------------------------------------------------------write.gdsn（n，rep（0,5），start=c（2,1），count=c（1，-1））显示（n）## -----------------------------------------------------------------------------附录gdsn（n，16:24）显示（n）## -----------------------------------------------------------------------------#初始化n<-添加.gdsn（gfile，“mat”，矩阵（1:48，6））显示（n）#替代assign.gdsn（n，.value=c（9:14，35:40），.supdate=NA）显示（n）#子集assign.gdsn（n，seldim=list（rep（c（TRUE，FALSE），3），rep（c（FALSE，TRUE），4））显示（n）#初始化和子集n<-add.gdsn（gfile，“mat”，矩阵（1:48，6），替换=真）assign.gdsn（n，seldim=list（c（4,2,6，NA），c（5,6，NA，2,8，NA，4））显示（n）#初始化并按降序排序n<-add.gdsn（gfile，“mat”，矩阵（1:48，6），替换=真）assign.gdsn（n，seldim=list（6:1，8:1））显示（n）## -----------------------------------------------------------------------------（n2<-add.gdsn（gfile，“I2”，storage=“int”，valdim=c（1002000）））用于（1:2000中的i）{write.gdsn（n2，seq.int（100*（i-1）+1，length.out=100），开始=c（1，i），计数=c（-1,1））}显示（n2）## -----------------------------------------------------------------------------（n3<-add.gdsn（gfile，“I3”，storage=“int”，valdim=c（100，0），compress=“ZIP”）用于（1:2000中的i）{append.gdsn（n3，seq.int（100*（i-1）+1，length.out=100））}readmode.gdsn（n3）使用压缩算法完成写入显示（n3）## -----------------------------------------------------------------------------#关闭GDS文件关闭fn.gds（gfile）## -----------------------------------------------------------------------------gfile<-createfn.gds（“test.gds”）add.gdsn（gfile，“I1”，val=矩阵（1:20，nrow=4））add.gdsn（gfile，“I2”，val=1:100）关闭fn.gds（gfile）## -----------------------------------------------------------------------------gfile<-openfn.gds（“test.gds”）n<-index.gdsn（gfile，“I1”）读取.gdsn（n）## -----------------------------------------------------------------------------#读取子集read.gdsn（n，开始=c（2，2），计数=c（2，3））读取.gdsn（n，开始=c（2,2），计数=c（2,3），值=c（6,15），替换=NA）## -----------------------------------------------------------------------------#读取子集readex.gdsn（n，列表（c（假，真，真，假），c（真，假，真、假，真））readex.gdsn（n，列表（c（1,4,3，NA），c（2，NA，3,1,3,1））readex.gdsn（n，列表（c（1,4,3，NA），c（2，NA，3,1,3,1）），.value=NA，.subtitute=-1）## -----------------------------------------------------------------------------apply.gdsn（n，margin=1，FUN=打印，as.is=“none”）apply.gdsn（n，margin=2，FUN=打印，as.is=“none”）#关闭GDS文件关闭fn.gds（gfile）## -----------------------------------------------------------------------------gfile<-createfn.gds（“test.gds”）n1<-添加.gdsn（gfile，“I1”，val=1:100）n2<-add.gdsn（gfile，“I2”，val=矩阵（1:20，nrow=4））g文件## -----------------------------------------------------------------------------fout<-file（“text.txt”，“wt”）apply.gdsn（n1，1，FUN=cat，as.is=“none”，file=fout，fill=TRUE）关闭（fout）扫描（“text.txt”）## -----------------------------------------------------------------------------fout<-file（“text.txt”，“wt”）apply.gdsn（n2，1，FUN=cat，as.is=“none”，file=fout，fill=4194304）关闭（fout）readLines（“text.txt”）## -----------------------------------------------------------------------------n.t<-add.gdsn（gfile，“转置”，storage=“int”，valdim=c（5,0））#在矩阵行上应用函数apply.gdsn（n2，margin=1，FUN=c，as.is=“gdsnode”，target.node=n.t）#矩阵转置读取.gdsn（n.t）#关闭GDS文件关闭fn.gds（gfile）## -----------------------------------------------------------------------------设定种子（1000）val<-样本（seq（0,1,0.001），50000，替换=真）水头（val）gfile<-createfn.gds（“test.gds”）add.gdsn（gfile，“N1”，val=val）add.gdsn（gfile，“N2”，val=val，compress=“ZIP”，closezip=TRUE）add.gdsn（gfile，“N3”，val=val，storage=“float”）add.gdsn（gfile，“N4”，val=val，storage=“float”，compress=“ZIP”，closezip=TRUE）add.gdsn（gfile，“N5”，val=val，storage=“packedreal16”，scale=0.001，offset=0）add.gdsn（gfile，“N6”，val=val，storage=“packedreal16”，scale=0.001，offset=0，compress=“ZIP”，closezip=TRUE）g文件##----回波=假---------------------------------------------------------------KB<-函数（i）{s<-objdesp.gdsn（index.gdsn（gfile，粘贴（“N”，i，sep=“”））$sizesprintf（“%.1f KB”，s/1000）}比率<-函数（i）{s<-objdesp.gdsn（index.gdsn（gfile，粘贴（“N”，i，sep=“”））$sizer<-100*s/（8*长度（val））sprintf（“%.1f%%”，r）}Epsilon<-函数（i）{ans<-平均值（abs（val-读取.gdsn（索引.gdsn）（gfile，paste0（“N”，i））））sprintf（“%0.3g”，ans）}## -----------------------------------------------------------------------------#关闭GDS文件关闭fn.gds（gfile）##----评估=错误---------------------------------------------------------------#设定种子（100）##10000000 32位整数的随机0,1序列#val<-sample.int（2，10*1000*1000，replace=TRUE）-1L#表格（val）##----评估=错误---------------------------------------------------------------##ctate生成GDS文件#f<-createfn.gds（“test.gds”）# ##压缩算法（LZMA_ra：32K是LZMA_ ra的下限）#压缩<-c（“”，“ZIP.max”，“ZIP_ra.max:16K”，“LZ4.max”，”LZ4_ra.mas:16K“，”LZMA“，”LZMA_ra:32K“）# ##保存#for（i in 1：长度（压缩））#打印（add.gdsn（f，粘贴0（“I”，I），val=val，compress=compression[I]，closezip=TRUE））# ##关闭文件#闭合fn.gds（f）# #cleanup.gds（“test.gds”）##----评估=错误---------------------------------------------------------------##打开GDS文件#f<-openfn.gds（“test.gds”）# ##10000个随机位置#设定种子（1000）#idx<-sample.int（长度（val），10000）# ##枚举每个压缩方法#dat<-矢量（“列表”，长度（压缩））#for（seq_len中的i（长度（压缩））# {#cat（“压缩：”，压缩[i]，“\n”）#n<-index.gdsn（f，paste0（“I”，I））#打印（系统时间({#dat[[i]]<-sapply（idx，FUN=function（k）read.gdsn（n，start=k，count=1L））# }))# }# ##检查#for（seq_len中的i（长度（压缩））#stopifnot（相同（日期[i]]，日期[[1L]]）# ##关闭文件#闭合fn.gds（f）## -----------------------------------------------------------------------------#创建GDS文件f<-createfn.gds（“test.gds”）设定种子（1000）m<-矩阵（样本（c（0:2），56，替换=T），nrow=4）（n<-add.gdsn（f，“稀疏”，m，存储=“sp.int”））#获取dgCMatrix稀疏矩阵（默认情况下，稀疏=TRUE）读取.gdsn（n）#得到稠密矩阵read.gdsn（n，.s稀疏=FALSE）闭合fn.gds（f）## -----------------------------------------------------------------------------#创建GDS文件f<-createfn.gds（“test.gds”）n<-add.gdsn（f，“raw”，rnorm（1115），compress=“ZIP”，closezip=TRUE）digest.gdsn（n，action=“add”）打印（f，属性=TRUE）闭合fn.gds（f）## -----------------------------------------------------------------------------f<-openfn.gds（“test.gds”）n<-索引.gdsn（f，“原始”）get.attr.gdsn（n）$md5digest.gdsn（n，action=“verify”）#NA表示“不适用”闭合fn.gds（f）## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo（）##----回波=假---------------------------------------------------------------unlink（c（“test.gds”，“text.txt”），force=TRUE）