##----'installDer'，eval=FALSE-----------------------------------------------#if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））{#install.packages（“BiocManager”）# }# #BiocManager:：install（“derfinderHelper”）# ###检查您是否安装了有效的Bioconductor#生物管理器：：有效（）##----“欢呼”---------------------------------------------------------------##引文信息引文（“derfinderHelper”）##----vignetteSetup，echo=FALSE，message=FALSE，warning=FALSE----------------##跟踪制作小插曲所花费的时间启动时间<-系统时间（）##Bib设置库（“RefManageR”）##编写书目信息bib<-c(derfinderHelper=引文（“derfinderHelper”）[1]，BiocStyle=引文（“BiocStille”），knitr=引文（“knitr”）[3]，RefManageR=引文（“RefManageR”）[1]，rmarkdown=引文（“rmarkdown”），R=引用（），IRanges=引文（“IRanges”），矩阵=引文（“矩阵”），S4Vectors=参考管理器：：BibEntry(bibtype=“manual”，key=“S4Vectors”，author=“埃尔维·帕格斯、迈克尔·劳伦斯和帕特里克·阿布尤恩”，title=“S4Vectors:类向量和类列表对象的S4实现”，year=2017，doi=“10.18129/B9.bioc.S4Vectors”),sessioninfo=引文（“sessionifo”），testtat=引文（“testtat”）)##----“创建数据”-------------------------------------------------------------##创建一些玩具数据suppressPackageStartupMessages（库（“IRanges”））设定种子（20140923）玩具数据<-数据帧(“样本1”=Rle（样本（0:10，1000，真）），“样本2”=Rle（样本（0:10，1000，真）），“样本3”=Rle（样本（0:10，1000，真）），“样本4”=Rle（样本（0:10，1000，真）），“样本5”=Rle（样本（0:15，1000，真）），“样本6”=Rle（样本（0:15，1000，真）），“样本7”=Rle（样本（0:15，1000，真）），“sample8”=Rle（样本（0:15，1000，TRUE）），“样本9”=Rle（样本（0:20，1000，真）），“样本10”=Rle（样本（0:20，1000，真）），“样本11”=Rle（样本（0:20，1000，真）），“sample12”=Rle（样本（0:20，1000，真）），“sample13”=Rle（样本（0:100，1000，真）），“样本14”=Rle（样本（0:100，1000，真）），“sample15”=Rle（样本（0:100，1000，TRUE）），“sample16”=Rle（样本（0:100，1000，真））)##假设我们有4个组组<-因子（rep（toupper（字母[1:4]），每个=4））##请注意，一些组的覆盖率较高，我们可以在模型中对此进行调整sampleDepth<-sapply（toyData，总和）采样深度##----“创建模型”-----------------------------------------------------------##建立模型矩阵mod<-model.matrix（~sampleDepth+组）mod0<-model.matrix（~sampleDepth）##探索他们国防部模块0##----“计算Fstats”--------------------------------------------------------库（“derfinderHelper”）fstats<-fstats.apply（data=toyData，mod=mod，mod0=mod0，scalefac=1）fstats公司##----创建幻影，评估=假-----------------------------------------------###创建小插曲#库（“rmarkdown”）#system.time（呈现（“derfinderHelper.Rmd”，“BiocStyle:：html_document”）# ###提取R代码#库（“knitr”）#knit（“derfinderHelper.Rmd”，tangle=TRUE）##----再现性1，echo=FALSE---------------------------------------------##生成渐晕图的日期系统时间（）##----再现性2，echo=FALSE---------------------------------------------##处理时间（秒）总时间<-diff（c（startTime，Sys.time（）））round（totalTime，数字=3）##----可复制性3，echo=FALSE-------------------------------------------------------------------------------------##会话信息库（“sessioninfo”）选项（宽度=120）session_info（）##----vignetteBiblio，results='asi'，echo=FALSE，warning=FALSE，message=FALSE'---------------------------------##打印参考书目打印书目（bib，.opts=列表（超链接=“to.doc”，style=“html”））