注册并公开摘要对于生物2024

miR海绵

miRNA海绵调控的鉴定与分析


生物导体版本:释放(3.18)

该软件包提供了多种功能,用于从推测的miRNA-靶相互作用或/和转录组学数据(包括体积、单细胞和空间基因表达数据)探索miRNA海绵(也称为ceRNA或miRNA诱饵)的调控。它提供了八种常用的识别miRNA海绵相互作用的方法,以及一种集成不同方法中miRNA海绵交互作用的综合方法,以及验证miRNA海绵互作用、推断miRNA海绵模块、进行miRNA海绵组件富集分析、,并对miRNA海绵模块进行存活分析。通过使用样本控制变量策略,它提供了推断样本特异性miRNA海绵相互作用的功能。根据样本特异性miRNA海绵相互作用,采用三种相似性方法构建样本相关网络。

作者:张俊鹏

维护人员:张俊鹏<gmail.com>

引文(从R中输入引文(“miRspongeR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“miRspongeR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

参考手册 PDF格式

细节

生物视图 生物医学信息学,基因表达式,微阵列,网络丰富,RNA序列,单个单元格,软件,空间,生存
版本 2.6.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5.0)
进口 公司,海绵,并行,图表,MCL,clusterProfiler(群集探查器),反应omePA,剂量、survivity、grDevices、graphics、stats、linkcomm、utils、Rcpp、,组织Hs.eg.db,foreach,do并行
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues(网址:https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues)
查看更多
建议 仿生风格knitr,rmarkdown,测试
链接到
增强功能
取决于我
导入我 miRSM公司
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包
Windows二进制 miR海绵R_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) miR海绵R_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) miR海绵R_2.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miRspongeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miRspongeR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/miRspongeR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/miRspongeR/
软件包下载报告 下载统计信息