集合基因
生成转基因图的软件包
生物导体版本:释放(3.18)
该软件包生成后基因图,以比较DNA相互作用蛋白在选定的基因组/特征组中的行为。Bam文件用于提高分辨率。bam文件组和/或基因组区域组的多个组合可以在单个分析中进行比较。Bootstraping分析用于比较组和定位具有统计差异富集特征的区域。
作者:查尔斯·乔利·博帕兰特(Charles Joly Beauparlant)、法比安·克劳德·拉马泽(Fabien Claude Lamaze)、拉瓦尔·卡巴赫(Fabien.Lamaze.1 at ulaval.ca>)、拉万·桑布(Rawane Samb)、塞德里克·利彭斯(Cedric Lippens)、塞德里克·塞德里克(Cedric Lippens.Cedric at protonmail)、阿斯特里德·路易斯·德塞恩斯(Astrid Louise Deschenes)。Deschenes在crchudequebec.ulaval.ca>和Arnaud Droit<Arnaud.Droit在crchuq.ulaval.ca>。
维护人员:查尔斯·乔利·博帕兰特
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“宏基因”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
生物视图 |
对齐,ChIPSeq公司,新闻报道,遗传学,多重比较,排序,软件 |
版本 |
2.34.0 |
在生物导体中 |
BioC 3.0(R-3.1)(9.5年) |
许可证 |
Artic-2.0 |文件许可证 |
取决于 |
R(>=3.5.0),R6(>=2.0),基因组范围,生物并行 |
进口 |
rtracklayer公司、gplots、工具、,基因组比对,基因组信息Db,基因组特征,I范围,ggplot2,Rsamtools软件,matrixStats,purrr,data.table,magrittr,方法,utils,集成数据库,EnsDb公司。哈皮恩斯v86,字符串 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/CharlesJB/metagene/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。