霍帕赫

层次有序划分与折叠混合（HOPACH）

生物导体版本：释放（3.18）

HOPACH聚类算法通过递归地对数据集进行分区，同时对每个级别的集群进行排序和可能的折叠，从而构建一个层次化的集群树。该算法使用平均/中位数分割轮廓（MSS）准则来识别具有最大同构簇的树的级别。它还向下运行树以生成元素的最终有序列表。非参数引导允许估计每个元素属于每个簇的概率（模糊聚类）。

作者：凯瑟琳·波拉德（Katherine S.Pollard）、马克·范德拉恩（Mark J.van der Laan）和格雷格·沃尔（Greg Wall）

维护人员：凯瑟琳·波拉德（Katherine S.Pollard）

引文（从R中输入引文（“hobach”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“hobach”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“hopach”）

霍帕赫	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式

生物视图	群集,软件
版本	2.62.0
在生物导体中	BioC 1.6（R-2.1）或更早（>19年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=2.11.0），集群，博科生物，方法
进口	图形、grDevices、stats、utils、，生物遗传学
系统要求
统一资源定位地址	http://www.stat.berkeley.edu网站/~拉恩/ http://docpollard.org/

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	霍帕赫2.62.0.tar.gz
Windows二进制	hopach_2.62.0.zip码
macOS二进制（x86_64）	霍帕赫2.62.0.tgz
macOS二进制（arm64）	霍帕赫2.62.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hopach
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/hopach
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hopach网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/hopach/
软件包下载报告	下载统计信息