glmParseNet

弹性网络正则化模型的网络中心度量

生物导体版本：释放（3.18）

glmSparseNet是一个R包，当特征（例如基因）具有图结构（例如蛋白质-蛋白质相互作用）时，它通过包括基于网络的正则化子来推广稀疏回归模型。glmSparseNet使用glmnet R包，将网络的中心性度量作为正则化中的惩罚权重。当前版本基于节点度实现正则化，即通过提升解决方案中的中心或解决方案中孤立基因的强度和/或关联边的数量。支持所有glmnet分布族，即“高斯”、“泊松”、“二项式”、“多项式”、“cox”和“mgaussian”。

作者：安德烈·维西莫[aut，cre]、苏珊娜·文加[aut]、尤妮斯·卡拉斯奎纳[ctb]、玛塔·洛佩斯[ctb]

维护人员：安德烈·维西莫（andreéVeríssimo）在tecnico.ulisboa.pt>

引文（从R中输入引文（“glmSparseNet”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：install（“glmSparseNet”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“glmSparseNet”）

使用来自STRING DB的网络的乳腺存活数据集	HTML格式	R脚本
乳腺浸润癌分类示例	HTML格式	R脚本
生存数据示例——乳腺浸润癌	HTML格式	R脚本
生存数据示例——前列腺癌	HTML格式	R脚本
存活数据示例——皮肤黑色素瘤	HTML格式	R脚本
在Cox回归中分离2组	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,尺寸缩减,图形和网络,网络,回归,软件,统计方法,生存
版本	1.20.1
在生物导体中	生物技术3.8（R-3.5）（5.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	glmnet，矩阵，多重分析实验，R（>=4.3.0）
进口	生物反应器，digest，dplyr，forcats，futile.logger，futille.options，ggplot2，glue，httr，methods，parallel，readr，remonforme2，stringr，总结性实验、survminer、utils
系统要求
统一资源定位地址	https://www.github.com/sysbiomed/glmParseNet网站
错误报告	https://www.github.com/sysbiomed/glmParseNet/issues网站

建议	生物风格,管理的TCGA数据、knitr、pROC、rmarkdown、，survcomp公司，生存，TCG实用程序、测试、维恩图表
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包	glmParseNet_1.20.1.tar.gz
Windows二进制	glmParseNet_1.20.1.zip
macOS二进制（x86_64）	glmParseNet_1.20.1.tgz
macOS二进制（arm64）	glmParseNet_1.20.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmSparseNet
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/glmParseNet
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/glmParseNet/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/glmSparseNet网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档