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加菲尔德

基于LD校正的监管或功能信息丰富的GWAS分析


生物导体版本:释放(3.18)

GARFIELD是一种非参数功能富集分析方法,在GARFIED:GWAS中描述了利用LD校正对监管或功能信息富集的分析。简言之,这是一种利用GWAS发现和监管或功能注释(主要来自ENCODE和Roadmap表观基因组数据)来发现与感兴趣表型相关的特征的方法。它对GWAS SNP进行贪婪剪枝(LD r2>0.1),然后基于功能信息重叠对其进行注释。接下来,它量化了不同GWAS显著性截止点的折叠富集(FE),并通过排列测试进行评估,同时匹配次要等位基因频率、到最近转录起始点的距离和LD代理数(r2>0.8)。

作者:Sandro Morganella<sm22 at sanger.ac.uk>

维护人员:Valentina Iotchkova<vi1在sanger.ac.uk>

引文(从R中输入引文(“加菲尔德”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“加菲尔德”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“加菲猫”)
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参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,功能预测,基因组注释,软件,统计方法
版本 1.30.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8年)
许可证 GPL-3公司
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程序包档案

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源程序包 加菲尔德1.30.0.tar.gz
Windows二进制 加菲尔德_1.30.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 加菲尔德1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64) 加菲尔德_1.30.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/garfield网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/garfield
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/garfield网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/garfield网站/
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