加菲尔德
基于LD校正的监管或功能信息丰富的GWAS分析
生物导体版本:释放(3.18)
GARFIELD是一种非参数功能富集分析方法,在GARFIED:GWAS中描述了利用LD校正对监管或功能信息富集的分析。简言之,这是一种利用GWAS发现和监管或功能注释(主要来自ENCODE和Roadmap表观基因组数据)来发现与感兴趣表型相关的特征的方法。它对GWAS SNP进行贪婪剪枝(LD r2>0.1),然后基于功能信息重叠对其进行注释。接下来,它量化了不同GWAS显著性截止点的折叠富集(FE),并通过排列测试进行评估,同时匹配次要等位基因频率、到最近转录起始点的距离和LD代理数(r2>0.8)。
作者:Sandro Morganella<sm22 at sanger.ac.uk>
维护人员:Valentina Iotchkova<vi1在sanger.ac.uk>
安装
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如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“加菲尔德”)
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文档
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细节
生物视图 |
注释,功能预测,基因组注释,软件,统计方法 |
版本 |
1.30.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
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进口 |
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系统要求 |
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