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gCrisprTools工具

组合Crispr筛网质量控制和分析功能套件


生物导体版本:释放(3.18)

一套用于评估合并高通量筛选实验的工具,通常使用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含用于查询实验中的库和磁带行为、识别差异丰富的磁带、聚合信号以识别经验性验证、假设测试和综合报告的候选目标的方法。2.0版扩展了这些应用程序,包括各种工具,用于在许多实验中对信号进行上下文化和集成,通过“sparrow”包纳入了扩展的信号富集方法,并简化了许多形式化要求,以帮助解释。

作者:Russell Bainer、Dariusz Ratman、Steve Lianoglou、Peter Haverty

维护人员:罗素·贝纳(Russell Bainer)<russ.Bainer at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“gCrisprTools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“gCrisprTools”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“gCrisprTools”)
对比_比较_gCrisprTools HTML格式 R脚本
示例_Workflow_gCrisprTools HTML格式 R脚本
gCrisprTools_小品 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物医学信息学,CRISPR公司,细胞生物学,差异表达式,实验设计,功能基因组学,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,多重比较,规范化,药物遗传学,药物基因组学,池式屏幕,预处理,质量控制,RNA序列,回归,软件,系统生物学,可视化
版本 2.8.0
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1)
进口 博科生物,利马、RobustRankAggreg、ggplot2、,总结性实验、网格、rmarkdown、grDevices、图形、方法、,复杂热图,统计数据,实用程序,并行
系统要求
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 gCrisprTools_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 gCrisprTools_2.8.0.zip
macOS二进制(x86_64) gCrispr工具-2.8.0.tgz
macOS二进制(arm64) gCrispr工具-2.8.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCrisprTools
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/gCrisprTools网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/gCrisprTools网站/
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