差异统计信息
生物网络上的扩散分数
生物导体版本:释放(3.18)
标记传播方法是计算生物学中广泛使用的一种程序,用于使用网络数据为分子实体提供上下文。节点标签可以从基因表达、全基因组关联研究、蛋白质域或代谢组学分析中获得,并传播到网络中的邻居,通过事先注释的知识有效地平滑分数,并优先考虑新的候选对象。R包diffuStats包含一组扩散内核和评分方法,有助于其计算、特征描述和基准测试。
作者:塞尔吉奥·皮卡特·阿尔马达[aut,cre],亚历山大·佩雷拉·卢纳[aut]
维护人员:塞尔吉奥·皮卡特·阿尔马达(Sergio Picart-Armada)
引文(从R中输入引文(“diffuStats”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“diffuStats”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“diffuStats”)
细节
生物视图 |
基因表达式,遗传学,基因组广泛协会,图形和网络,代谢组学,网络,规范化,蛋白质组学,软件,转录组学 |
版本 |
1.22.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.6(R-3.4)(6.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.4) |
进口 |
grDevices、stats、methods、Matrix、MASS、checkmate、expm、igraph、Rcpp、RcppArmadillo、Rcpp-Parallel、plyr、precrec |
系统要求 |
GNU品牌 |
统一资源定位地址 |
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建议 |
测试,knitr,rmarkdown,ggplot2,ggsci,igraphdata,仿生风格,重塑2,实用程序 |
链接到 |
Rcpp、RcppArmadillo、Rcpp并行 |
增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。