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畜栏

单细胞数据的对应分析


生物导体版本:释放(3.18)

对应分析(CA)是一种矩阵分解方法,与主成分分析(PCA)类似。虽然主成分分析是为应用于连续的、近似正态分布的数据而设计的,但主成分分析适用于相同加性尺度的非负的、基于计数的数据。corral包实现了CA,用于单个单元格数据矩阵的降维,以及CA的多表自适应,该CA利用数据优化缩放,通过投影到共享的潜在空间来对齐不同测序平台生成的数据。corral利用稀疏矩阵和SVD的快速实现,可以直接在Bioconductor对象(例如SingleCellExperiment)上调用,以便于管道集成。该软件包还包括其他选项,包括CA的变体以解决计数数据中的过度分散(例如,Freeman-Tukey chi-squared残差),以及使用CA的Hellinger距离自适应将CA类型处理应用于连续数据(例如,蛋白质组TOF强度)的选项。

作者:Lauren Hsu【aut,cre】,Aedin Culhane[作者]

维护人员:Lauren Hsu<lrnshoe在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“畜栏”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“畜栏”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“畜栏”)
与围栏对齐 HTML格式 R脚本
用畜栏减少暗淡 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),尺寸缩减,基因表达式,预处理,主要组件,排序,单个单元格,软件,可视化
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 GPL-2型
取决于
进口 ggplot2、ggthemes、grDevices、gridExtra、irlba、矩阵、方法、,多重分析实验,好友,重新拍摄2,单细胞实验,总结性实验,运输
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 畜栏_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 畜栏_1.12.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 畜栏_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 畜栏_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/corral
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/畜栏
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/corral/
包短Url https://bioconductor.org/packages/corral/
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