比较图
从scRNA-seq和scATAC-seq推断单个细胞的高阶染色质结构域
生物导体版本：释放（3.18）
Compartmap从scRNA-seq和scATAC-seq直接推断高阶染色质。该软件包实现了James-Stein估计器，用于计算单细胞级高阶染色质结构域。此外，我们利用随机矩阵理论作为一种去噪相关矩阵的方法，以实现在Hi-C和scHi-C数据中观察到的类似“格子状”图案。
作者：本杰明·约翰逊[aut，cre]，蒂姆·特里谢[aut]，许慎[aut].卡斯珀·汉森[aut]，Jean-Philippe Fortin[aut'
维护人员：本杰明·约翰逊<ben.Johnson at vai.org>
引文（从R中输入引文（“compartmap”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“compartmap”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“对比图”）
细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,表观遗传学,遗传学,RNA序列,单个单元格,软件 |
| 版本 |
1.20.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.8（R-3.5）（5.5年） |
| 许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.1.0），总结性实验,Ragged实验,生物奇异性,HDF5阵列 |
| 进口 |
基因组范围，平行，网格，ggplot2，重塑2，缩放，DelayedArray（延迟阵列）,rtracklayer公司,延迟矩阵统计、矩阵、RMTstat |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/biobenkj/compatmap |
| 错误报告 |
https://github.com/biobenkj/compatmap/issues |
查看更多
| 建议 |
covr、testtat、knitr、Rcpp、rmarkdown、markdown |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
|
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
