ccfindR公司

癌症克隆查找器

生物导体版本：释放（3.18）

癌症基因组数据聚类分析工具的集合，包括单细胞RNA-seq的工具。细胞聚类和特征基因选择分析采用贝叶斯（和最大似然）非负矩阵分解（NMF）算法。输入数据集由RNA计数矩阵、基因和细胞条形码注释组成。分析输出是多秩的因子矩阵和每个秩的边际似然值。该软件包包括用于下游分析的实用程序，包括元基因识别、可视化和构建基于等级的聚类树。

作者：Jun Woo[aut，cre]、Jinhua Wang[aut]

维护人员：Jun Woo<jwoo在umn.edu>

引文（从R中输入引文（“ccfindR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ccfindR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ccfindR”）

ccfindR：使用贝叶斯非负矩阵分解进行单细胞RNA-seq分析	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	贝叶斯主义者,聚类,免疫肿瘤学,单个单元格,软件,转录组学
版本	1.22.0
在生物导体中	生物C 3.7（R-3.5）（6年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=3.6.0）
进口	统计数据，S4载体，实用程序，方法，矩阵，总结性实验,单细胞实验、Rtsne、图形、grDevices、gtools、RColorBrewer、ape、Rmpi、irlba、Rcpp、Rdpack（>=0.7）
系统要求
统一资源定位地址	http://dx.doi.org/10.26508/lsa.201900443

建议	仿生风格、knitr、rmarkdown
链接到	Rcpp、RcppEigen
增强功能
取决于我
导入我
建议我	突变模式
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ccfindR_1.22.0.tar.gz号
Windows二进制	ccfindR_1.22.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccfindR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/ccfindR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccfindR网站/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/ccfindR/
软件包下载报告	下载统计信息