生物数据库

biodb，一个用于连接化学和生物数据库的库和开发框架

生物导体版本：释放（3.18）

biodb包提供了对标准远程化学和生物数据库（ChEBI、KEGG、HMDB…）以及内部本地数据库文件（CSV、SQLite）的访问，可以轻松检索条目、访问web服务、按质量和/或名称搜索化合物，以及LCMS和MSMS的质谱匹配。它的体系结构作为一个开发框架，有助于为本地项目或在单独发布的包中开发新的数据库连接器。

作者：皮尔里克·罗杰，亚历克西斯·德拉布里埃

维护人员：Pierrick Roger<Pierrick.Roger at cea.fr>

引文（从R中输入引文（“biodb”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“biodb”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“biodb”）

正在创建用于访问数据库的新连接器类。	HTML格式	R脚本
为条目创建新字段。	HTML格式	R脚本
关于一般biodb用法和原理的详细信息	HTML格式	R脚本
介绍biodb包。	HTML格式	R脚本
操作条目对象	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	数据导入,基础设施,凯格,软件
版本	1.10.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	AGPL-3型
取决于	R（>=4.1.0）
进口	生物文件缓存、R6、RCurl、RSQLite、Rcpp、XML、chk、git2r、jsonlite、lgr、lifecycle、methods、openssl、plyr、progress、rapdirs、stats、stringr、tools、withr、yaml
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/pkrog/biodb
错误报告	https://github.com/pkrog/biodb/issues

建议	仿生风格，roxygen2，开发工具，testtat（>=2.0.0），knitr，rmarkdown，covr，xml2
链接到	Rcpp，测试
增强功能
取决于我
导入我	biodbChebi公司,biodbExpasy公司,生物数据库Hmdb,biodbKegg公司,生物类脂图,biodbMirbase公司,biodbNcbi公司,biodbNci公司,biodbUniprot公司,物象
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	生物数据库_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	生物数据库_1.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	生物数据库_1.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）	生物数据库_1.10.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biodb
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/biodb
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/biodb/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/biodb/
软件包下载报告	下载统计信息