海绵
基因表达的稀疏部分相关
生物导体版本：释放（3.18）
该软件包提供了有效检测两个基因之间竞争性内生RNA相互作用的方法。这种相互作用由一个或多个miRNA介导，因此需要输入大量样本的基因和miRNA表达数据。SPONGE软件包现在还包括spongEffects:ceRNA模块为患者提供了miRNA调控环境的特定见解。
作者：马库斯列表[aut，cre]
，马库斯·霍夫曼[aut]
维护人员：马库斯列表<Markus.List at tum.de>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“海绵”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“海绵”）
细节
| 生物视图 |
基因表达式,基因调控,机器学习,网络推理,随机森林,回归,软件,系统生物学,转录,转录组学 |
| 版本 |
1.24.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（6.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=3.6） |
| 进口 |
博科生物，stats，ppcor，logging，foreach，doRNG，data.table，MASS，expm，gRbase，glmnet，igraph，迭代器，tidyverse，插入符号，dplyr，生物反应器、randomForest、ggridges、cvms、，miRBaseConverter（miRBase转换器）,复杂热图、ggplot2、MetBrewer、rlang、tnet、ggpubr、stringr、tidyr |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
testtat、knitr、rmarkdown、visNetwork、ggresent、gridExtra、digest、doParallel、bigmemory、，GSVA公司 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
miR海绵 |
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mirTarRnaSeq码 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
