NetPathMiner公司

用于生物网络构建、路径挖掘和可视化的NetPathMiner

生物导体版本：释放（3.18）

NetPathMiner是使用基因组网络进行网络路径挖掘的通用框架。它从KGML、SBML和BioPAX文件构建网络，提供三种网络表示：代谢、反应和基因表示。NetPathMiner可以找到活动路径，并应用机器学习方法来总结找到的路径，以便于解释。它还提供网络和路径的静态和交互式可视化，以帮助手动调查。

作者：艾哈迈德·穆罕默德，蒂姆·汉考克[aut]，蒂姆·汉考克[aut]

维护人员：艾哈迈德·穆罕默德（Ahmed Mohamed）<Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>

引文（从R中输入引文（“NetPathMiner”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“NetPathMiner”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“NetPathMiner”）

NetPathMiner小品	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,聚类,图形和网络,网络,路径,软件
版本	1.38.0
在生物导体中	生物C 2.14（R-3.1）（10年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=3.0.2），图表（>=1.0）
进口
系统要求	libxml2，libSBML（>=5.5）
统一资源定位地址	https://github.com/ahmohamed/NetPathMiner网站

建议	rBiopaxParser公司（>=2.1），RCurl，图表、knitr、rmarkdown、，仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	NetPathMiner_1.38.0.tar.gz公司
Windows二进制	NetPathMiner_1.38.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetPathMiner网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/NetPathMiner
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NetPathMiner网站/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/NetPathMiner网站/
软件包下载报告	下载统计信息