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NBAMSeq公司

RNA-Seq数据的负二项加性模型


生物导体版本:释放(3.18)

高通量测序实验和差异表达分析是检测基因组生物标记物的一种广泛使用的方法。差异表达分析的一个基本步骤是建立基因计数和相关协变量之间的关联模型。NBAMSeq是一种基于广义加性模型的灵活统计模型,允许在方差估计中跨基因共享信息。

作者:徐仁[aut,cre],裴芬宽[aut]

维护人员:徐仁<xuren2120 at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“NBAMSeq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“NBAMSeq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“NBAMSeq”)
RNA-Seq数据的负二项加性模型 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 新闻报道,微分表达式,基因表达,RNA序列,排序,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=3.6),总结性实验,S4载体
进口 DESeq2公司,mgcv(>=1.8-24),生物并行,基因过滤器,方法,统计信息
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/reese3928/NBAMSeq网站
错误报告 https://github.com/reese3928/NBAMSeq/issues网站
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建议 knitr、rmarkdown、testhat、ggplot2
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 NBAMSeq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 NBAMSeq_1.18.0.zip公司
macOS二进制(x86_64) NBAMSeq_1.18.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) NBAMSeq_1.18.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NBAMSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/NBAMSeq
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/NBAMSeq网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/NBAMSeq/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档