甲基混合物
甲基混合物:识别甲基化驱动的癌症基因
生物导体版本:释放(3.18)
甲基混合是一种用于识别疾病的高甲基化和低甲基化基因的算法。MethylMix基于β混合物模型来识别甲基化状态,并将其与正常DNA甲基化状态进行比较。MethylMix使用了一种新的统计数据,即差异甲基化值或DM值,定义为甲基化状态与正常甲基化状态的差异。最后,匹配的基因表达数据被用于通过关注影响基因表达的甲基化变化来识别不同的功能甲基化状态。参考文献:Gevaert 0。甲基混合物:用于识别DNA甲基化驱动基因的R包。生物信息学(英国牛津)。2015;31(11):1839-41. doi:10.1093/bioinformatics/btv020。Gevaert O,Tibshirani R,Plevritis SK.使用甲基混合物对DNA甲基化驱动基因进行全癌分析。基因组生物学。2015;16(1):17. doi:10.1186/s13059-014-0579-8。
作者:奥利维尔·盖沃特
维护人员:Olivier Gevaert<Olivier.Gevaert at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“甲基混合物”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“甲基混合物”)
细节
查看更多
建议 |
仿生风格doParallel、testhat、knitr、rmarkdown |
链接到 |
|
增强功能 |
|
取决于我 |
|
导入我 |
|
建议我 |
|
指向我的链接 |
|
生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。