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Metabo信号

MetaboSignal:一种基于网络的方法,用于覆盖和探索代谢和信号KEGG通路


生物导体版本:释放(3.18)

MetaboSignal是一个R包,允许合并、分析和定制代谢和信号KEGG通路。这是一种基于网络的方法,旨在探索基因(信号或酶基因)和代谢物之间的拓扑关系,是研究代谢表型的遗传景观和调控网络的有力工具。

作者:安德烈亚·罗德里格斯·马丁内斯(Andrea Rodriguez-Martinez)、拉斐尔·阿亚拉(Rafael Ayala

维护人员:安德烈亚·罗德里格斯·马丁内兹(Andrea Rodriguez-Martinez)<Andrea.Rodriguez-martinez13 at imperial.ac.uk>,拉斐尔·阿亚拉(Rafael Ayala)<rafaelayalahernandez at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“MetaboSignal”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MetaboSignal”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“MetaboSignal”)
Metabo信号 HTML格式 R脚本
MetaboSignal 2:将KEGG与其他交互资源合并 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因信号,基因目标,图形和网络,凯格,网络,路径,反应途径,软件
版本 1.32.1
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.3)
进口 KEG图形,hpar(高气压),igraph,RCurl,KEGGREST公司,EnsDb公司。哈皮恩斯v75,统计,图形,实用程序,组织Hs.eg.db,生物反应器,注释Dbi,MWA工具,我的基因
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 Metabo信号_1.32.1.tar.gz
Windows二进制 MetaboSignal_1.32.1.zip
macOS二进制(x86_64) Metabo信号_1.32.1.tgz
macOS二进制(arm64) Metabo信号_1.32.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboSignal网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/MetaboSignal
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MetaboSignal网站/
程序包短Url https://bioductor.org/packages/MetaboSignal公司/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档