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MMUPHin公司

微生物学研究中异质性的均匀流水线Meta分析方法


生物导体版本:释放(3.18)

MMUPHin是微生物群荟萃分析任务的R包。它具有以下功能接口:a)协变量控制的批和队列效应调整,b)元分析差异丰度测试,c)元分析无监督的离散结构(聚类)发现,以及d)元分析的无监督的连续结构发现。

作者:马思源

维护人员:思源MA<gmail.com上的syma.research>

引文(从R中输入引文(“MMUPHin”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MMUPHin”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“MMUPHin”)
MMUPHin公司 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),基因组,微生物组,软件
版本 1.16.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=3.6)
进口 马斯林2,metafor,fpc,igraph,ggplot2,dplyr,tidyr,stringr,cowplot,utils,stats,grDevices
系统要求 glpk(>=4.57)
统一资源定位地址
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建议 测试,仿生风格,针织者,rmarkdown,magrittr,素食主义者,类毒素,管理的宏基因组数据,基因过滤器
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 MMUPHin_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 MMUPHin_1.16.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) MMUPHin_1.16.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) MMUPHin_1.16.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMUPHin
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MMUPHin
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MMUPHin网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/MMUPHin/
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