MEB公司

一种检测RNA-seq和scRNA-seq数据差异表达基因的归一化-变异最小包围球方法

生物导体版本：释放（3.18）

该软件包提供了一种方法来识别相同或不同物种中的差异表达基因。考虑到非DE基因在特征上具有一些相似性，建立了一个无标度最小包围球（SFMEB）模型来覆盖特征空间中那些非DE的基因，然后将那些与非DE差异巨大的DE基因视为离群值并在球外被拒绝。该软件包上的方法在文章“检测RNA-seq数据差异表达基因的最小封闭球方法”中进行了描述。将SFMEB方法扩展到scMEB方法，该方法考虑两种或多种潜在类型的细胞或未知标签scRNA-seq数据集DEG识别。

作者：兖州、朱家棣

维护人员：朱家棣<2160090406，邮箱：szu.edu.cn>

引文（从R中输入引文（“MEB”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“MEB”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“MEB”）

MEB教程	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	分类,差异表达式,基因表达式,规范化,排序,软件
版本	1.16.0
在生物导体中	生物技术3.10（R-3.6）（4.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.6.0）
进口	e1071，边缘R,散射，统计，wrswoR，总结性实验,单细胞实验
系统要求
统一资源定位地址

建议	knitr、rmarkdown、，仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	MEB_1.16.0.tar.gz公司
Windows二进制	MEB_1.16.0.zip码（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	甲基溴_11.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）	MEB_1.16.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEB
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/MEB
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MEB/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/MEB/
软件包下载报告	下载统计信息