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M3下降

单细胞RNASeq中退出的Michaelis-Menten模型


生物导体版本:释放(3.18)

该软件包适用于单细胞RNASeq数据中的缺失模式。该模型用作空值,以识别用于下游分析的显著可变(即差异表达)基因,如聚类细胞。还包括一种使用图书馆规模感知负二项模型计算UMI标记数据中精确皮尔逊残差的方法。

作者:塔卢拉·安德鲁斯(Tallulah Andrews)

维护人员:塔卢拉·安德鲁斯(Tallulah Andrews)

引文(从R中输入引文(“M3Drop”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“M3Drop”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“M3Drop”)
M3Drop简介 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
自述文件 文本
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,尺寸缩减,特征提取,基因表达式,RNA序列,排序,软件,转录组学
版本 1.28.8
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.4),数字派生
进口 RColorBrewer、gplots、bbmle、statmod、grDevices、graphics、stats、matrixStats、Matrix、irlba、reldist、Hmisc、methods、,散射
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/tallulandrews/M3Drop
错误报告 https://github.com/tallulandrews/M3Drop/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 M3下降_1.28.8.tar.gz
Windows二进制 M3Drop_1.28.8.zip型(仅64位)
macOS二进制(x86_64) M3滴管_1.28.8tgz
macOS二进制(arm64) M3下降_1.28.8.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/M3Drop
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/M3Drop
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/M3Drop/
包短Url https://bioconductor.org/packages/M3Drop/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源代码包 源存档