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免疫间隔

围绕ImmuneSpace数据和工具门户的精简包装


生物导体版本:释放(3.18)

为访问人类免疫学项目联盟(HIPC)的数据存储库和分析平台ImmuneSpace data and Tools Portal(datatools.ImmuneSpace.org)中的数据集提供了一个方便的API。

作者:格雷格·菲纳克[aut]、雷南·索特劳德[aut]、迈克·蒋[aut][、吉尔·古迪[aut)、利奥·达舍夫斯基[aut】、埃文·亨里奇[aut'、朱延·金[aut][、劳伦·沃尔夫[aut:]、海伦·米勒[aut=、拉斐尔·戈塔多[aut>、免疫空间包维护者[cre,cph]

维护人员:ImmuneSpace软件包维护程序<ImmuneSpace at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“ImmuneSpaceR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ImmuneSpaceR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ImmuneSpaceR”)
ImmuneSpaceR软件包简介 HTML格式 R脚本
使用getDataset下载数据集 HTML格式 R脚本
用ImmuneSpaceR处理表达式矩阵 HTML格式 R脚本
interactive_netrc()函数演练 HTML格式 R脚本
SDY144:HAI/病毒中和效价与细胞计数的相关性 HTML格式 R脚本
SDY180:用多参数流式细胞术测量成浆细胞的丰度 HTML格式 R脚本
SDY269:HAI与流式细胞仪和ELISPOT结果的相关性 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,数据表示,软件,第三方客户
版本 1.30.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=3.5.0)
进口 utils,R6,data.table,curl,httr,Rlabkey(>=2.3.1),博科生物、pheatmap、ggplot2(>=3.2.0)、scales、stats、gplots、plotly、heatmaply(>=0.7.0)、jsonlite、rmarkdown、,预处理核心,flowCore(流动堆芯),流工作区,摘要
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/RGLab/ImuneSpaceR
错误报告 https://github.com/RGLab/ImuneSpaceR/insues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 免疫空间R_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 免疫空间R_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64) 免疫间隔R_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64) 免疫空间R_1.30.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ImmuneSpaceR网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/ImuneSpaceR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ImuneSpaceR(网址:https://code)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ImmuneSpaceR网站/
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