IRISFGM公司
基于单细胞RNA-Seq的基因互作网络综合分析
生物导体版本：释放（3.18）
单细胞RNA-Seq数据有助于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群的细胞异质性和特征基因。具体而言，功能基因模块（FGM）的研究有助于理解基因交互网络和复杂的生物过程。QUBIC2被认为是从scRNA-Seq数据中识别FGM的最有效和最有效的工具之一。然而，它的可用性仅限于C实现，其应用能力仅受少数下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM（功能基因模块分析的综合scRNA-Seq解释系统）的R包，以支持使用scRNA-Seq数据进行FGM和细胞聚类的研究。在QUBIC2的支持下，IRIS-FGM可以识别共同表达和共同调节的FGM，预测类型/簇，识别差异表达基因，并执行功能富集分析。值得注意的是，IRIS-FGM还应用了Seurat对象，可以在Seurat渐晕图中轻松使用。
作者：张玉洲[aut，cre]，马秦[aut]，艾伦卡特[aut].钟东军[aut'
维护人员：禹州长<禹州长在osumc.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“IRISFGM”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
群集,数据导入,差异表达式,尺寸缩减,基因表达,规范化,预处理,单个单元格,软件,可视化 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学3.13（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
Rcpp（>=1.0.0）、MCL、anocva、Polychrome、RColorBrewer、colorspace、，注释Dbi，ggplot2，组织Hs.eg.db,组织管理例会.db、pheatmap、AdaptGauss、，D单个、Impute博士、Matrix、Seurat、，单细胞实验,clusterProfiler（群集探查器）、ggpubr、gggraph、igraph、mixtools、，散射,尖叫声、stats、methods、grDevices、graphics、utils、knitr |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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