COHCAP公司

此软件包适用于生物导体3.18版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定版本，请参阅。

Illumina甲基化阵列和目标BS-Seq数据的CpG岛分析管道

生物导体版本：释放（3.18）

COHCAP（发音为“co-cap”）提供了分析单核苷酸分辨率甲基化数据的管道（Illumina 450k/EPIC甲基化阵列、靶向BS-Seq等）。它提供了CpG位点的差异甲基化、CpG岛的差异甲基性、与基因表达数据的集成以及可视化选项。讨论小组：https://sourceforge.net/p/chocap/discussion/bioconductor/

作者：查尔斯·沃登（Charles Warden）<cwarden at coh.org>，叶清源（Yate-Ching yyuan）<yyuan at coh.org>，吴锡伟（Xiwei Wu）<xwu at coh.org>

维护人员：查尔斯·沃登（Charles Warden）<cwarden at coh.org>

引文（从R中输入引文（“COHCAP”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“COHCAP”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“COHCAP”）

COHCAP小品	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	DNA甲基化,差异甲基化,表观遗传学,甲基Seq,微阵列,软件
版本	1.48.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	GPL-3公司
取决于	WriteXLS、，COHCAPanno公司、RColorBrewer、gplots
进口	伯克希尔哈撒韦州Rcpp Armadillo Rcpp
系统要求	波尔
统一资源定位地址

建议
链接到	伯克希尔哈撒韦Rcpp
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	COHCAP_1.48.0.tar.gz公司
Windows二进制	COHCAP_1.48.0.zip公司
macOS二进制（x86_64）	COHCAP_1.48.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	COHCAP_1.48.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COHCAP
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/COHCAP
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/COHCAP网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/COHCAP/
软件包下载报告	下载统计信息