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CIMICE公司

CIMICE-R:推断癌症进化的(马尔可夫)链方法


生物导体版本:释放(3.18)

CIMICE是肿瘤系统发育学领域的一个工具,其目标是构建一个马尔可夫链(称为癌症进展马尔可夫链式,CPMC),以模拟肿瘤亚型的进化。CIMICE的输入是一个突变矩阵,因此是一个布尔矩阵,表示样本集合中发生变化的基因。假设这些样本是通过单细胞DNA分析技术获得的,并且该工具是专门为使用这些数据的特性来构建CMPC而编写的。

作者:尼科尔·罗西[aut,cre](乌迪内大学数学、计算机科学和物理系计算生物学和生物信息学实验室,)

维护人员:尼科尔·罗西(NicolóRossi)<olocin.isor at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“CIMICE”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CIMICE”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“CIMICE”)
CIMICE-R:推断癌症进化的(马尔可夫)链方法 HTML格式 R脚本
快速指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物学问题,图形和网络,网络推理,系统发育学,研究领域,单个单元格,软件,统计方法,技术
版本 1.10.0
在生物导体中 生物化学3.13(R-4.1)(3年)
许可证 艺术-2.0
取决于
进口 dplyr、ggplot2、glue、tidyr、igraph、networkD3、visNetwork、ggcorrplot、purrr、gggraph、stats、utils、,黑手党,断言,tidygraph,expm,Matrix
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/redsnic/CIMICE网站
错误报告 https://github.com/redsnic/CIMICE/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 CIMICE_1.10.0.tar.gz公司
Windows二进制 CIMICE_1.10.0.邮编(仅64位)
macOS二进制(x86_64) CIMICE_1.10.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) CIMICE_1.10.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CIMICE
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CIMICE/
包短Url https://bioconductor.org/packages/CIMICE/
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