注册并公开摘要对于生物2024

狂欢节

使用Integer VALue编程进行网络识别(来自基因表达数据)的CAusal推理工具


生物导体版本:释放(3.18)

Melas等人在R中升级的因果推理工具,根据PROGENy得分更新TF的权重分配。优化参数可以自由调整,可以获得并聚合多个解。

作者:埃尼奥·杰尔加[aut]、帕努瓦特·特雷拉特菲桑[aut]、安妮卡·刘[ctb]、阿尔贝托·瓦尔迪奥利维斯[ctb'、尼古拉斯·佩斯科[ctb]]、奥雷琳·杜古德[ctb]、阿提拉·加博尔[cre]、奥尔加·伊万诺娃[aut]

维护人员:阿提拉·加博(Attila Gabor)

引文(从R中输入引文(“CARNIVAL”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CARNIVAL”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“CARNIVAL”)
用CARNIVAL从表达足迹中分析大规模信号网络 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因表达,网络,软件,转录组学
版本 2.12.0
在生物导体中 生物柴油3.11(R-4.0)(4年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0)
进口 readr、stringr、lpSolve、igraph、dplyr、tibble、tidyr、rjson、rmarkdown
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/saezlab/CARNIVAL网站
错误报告 https://github.com/saezlab/CARNIVAL/issues网站
查看更多
建议 参考管理器,仿生风格,covr,knitr,testtat(>=3.0.0),sessioninfo
链接到
增强功能
取决于我
导入我 宇宙R
建议我 dce公司
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 卡尼瓦尔_2.12.0.tar.gz
Windows二进制 卡尼瓦尔_2.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 加勒比海_2.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 卡尼瓦尔_2.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CARNIVAL网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/CARNIVAL
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CARNIVAL网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/CARNIVAL网站/
软件包下载报告 下载统计信息