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生物邻居

生物导体封装的最近邻检测


生物导体版本:释放(3.18)

在一个允许在Bioconductor包或工作流中轻松切换的框架中,实现精确和近似的最近邻检测方法。可以使用k近邻的k均值算法或有利点树执行精确搜索。可以使用Annoy或HNSW库执行近似搜索。支持欧几里得距离或曼哈顿距离搜索。使用BiocParallel可以实现所有方法的并行化。还提供了搜索给定距离内所有邻居的功能。

作者:亚伦·伦[aut,cre,cph]

维护人员:亚伦·伦(Aaron Lun)<infine.monkeys.with.keyboards at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“BiocNeighbors”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“BiocNeighbors”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“生物邻居”)
1.检测精确的最近邻居 HTML格式 R脚本
2.检测近似最近邻 HTML格式 R脚本
3.检测范围内的邻居 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 分类,群集,软件
版本 1.20.2
在生物导体中 生物技术3.8(R-3.5)(5.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于
进口 卢比,S4载体,生物并行,统计,方法,矩阵
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址
查看更多
建议 测试,仿生风格、knitr、rmarkdown、FNN、RcppAnnoy、Rcpp HNSW
链接到 Rcpp、RcppHNSW
增强功能
取决于我 OSCA高级、OSCA工作流、SingleRBook
导入我 批处理器,咆哮,细胞混合物S,锡达尔,imcR工具,狐猴,百万卢比,蒙莫萨,散射,scDblFinder,sc合并,空间特征实验,UCell公司
建议我 协和式R,轨迹Utils,TSCAN公司
指向我的链接 单个R
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 生物邻居_1.20.2.tar.gz
Windows二进制 生物邻居_1.20.2.zip
macOS二进制(x86_64) 生物邻居_1.20.2.tgz
macOS二进制(arm64) 生物邻居_1.20.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/生物邻居
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BiocNeighbors网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/BiocNeighbors网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档