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基本STARRseq

STARR-seq数据的基本峰值调用


生物导体版本:释放(3.18)

基于“STARR-seq识别的全基因组定量增强子活性图”Arnold等人《科学》中介绍的方法,对STARR-seq数据进行基本峰值调用。2013年3月1日;339(6123):1074-7. doi:10.1126/科学。1232542.2013年1月17日电子出版。

作者:安妮卡·比格尔

维护人员:Annika Buerger<Annika.Buerger at ukmuenster.de>

引文(从R中输入引文(“BasicSTARRseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“BasicSTARRseq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignets(“BasicSTARRseq”)
基本STARRseq.pdf PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 新闻报道,功能基因组学,功能预测,基因调控,峰值检测,软件
版本 1.30.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8年)
许可证 LGPL-3型
取决于 基因组学范围,基因组比对
进口 S4载体、方法、,I范围,基因组信息Db,统计信息
系统要求
统一资源定位地址
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基本STARRseq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 基本基准基准序列_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64) 基本STARRseq_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64) 基本STARRseq_1.30.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BasicSTARRseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/BasicSTARRseq
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BasicSTARRseq/
包短Url https://bioductor.org/packages/BasicSTARRseq/
软件包下载报告 下载统计信息