注册并公开摘要对于生物2024

BDMMA修正

不同队列宏基因组读取计数数据的Meta分析


生物导体版本:释放(3.18)

元基因组测序技术使微生物组的定量分析成为可能。然而,由于实验之间的差异,将这些实验中的微生物数据结合起来具有挑战性。现有的批量效应校正方法没有考虑微生物研究中变量-微生物类群-和微生物组数据过度分散之间的相互作用。因此,它们不适用于微生物组数据。我们开发了一种新的方法,贝叶斯-狄里克勒多元回归元分析(BDMMA),用于同时建模批处理效应并检测与表型相关的微生物分类群。BDMMA自动对微生物类群之间的依赖性进行建模,并对微生物组的高维度及其关联稀疏性具有鲁棒性。

作者:郑伟戴(ZHENWEI DAI)<daizwhao at gmail.com>

维护人员:郑伟戴(ZHENWEI DAI)<daizwhao at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“BDMMAcorrect”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“BDMMA修正”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

参考手册 PDF格式

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),贝叶斯主义者,免疫肿瘤学,微生物组,软件
版本 1.20.0
在生物导体中 生物技术3.8(R-3.5)(5.5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.5),素食,椭圆,ggplot2,猿,总结性实验
进口 Rcpp(>=0.12.12),RcppArmadillo,Rcpp特征,统计
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 knitr、rmarkdown、,生物遗传学
链接到 Rcpp、RcppArmadillo和RcppEigen
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包
Windows二进制 BDMMAcorrect_1.20.0.zip版本
macOS二进制(x86_64) BDMMA修正_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) BDMMA修正_1.20.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BDMMA更正
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BDMMA正确
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BDMMA更正/
包短Url https://bioconductor.org/packages/BDMMA修正/
软件包下载报告 下载统计信息