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非编码 RNA(ncRNA)是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 核糖核酸分子。
非编码 核糖核酸除了在转录和转录后水平上发挥作用外,还在基因表达的表观遗传学调控中发挥重要作用。
最近的研究揭示了真核生物基因组中约 90%的基因是转录基因。有趣的是,这些转录基因中只有 1-2% 编码蛋白质;大多数转录为 ncRNA
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非编码 核糖核酸可分为两种主要类型:基础结构型和调控型 ncRNA基础结构型 非编码RNA在翻译和剪接中似乎起着类似管家基因的作用,包括核糖体 RNA、转移 核糖核酸和小核 核糖核酸等种属。从表观遗传学的角度来看,调控型 非编码RNA更加有趣,因为它们参与了其他 核糖核酸的修饰。调控型 非编码RNA可进一步划分为以下几类:
小RNA(miRNA)
微小RNA是一类长度约为 20-24吨的单链小分子,来源于形成独特发夹结构的转录本,被称为 前miRNA发夹状 核糖核酸被加工成成熟的 miRNA形成 核糖核酸诱导的沉默复合体 (RISC)其中包含 Dicer公司等 微小RNA相互作用蛋白。微小RNA将通过 3英尺UTR与靶 信使核糖核酸转录本上的互补序列配对,导致靶基因沉默。
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皮维相互作用RNA(piRNA)
piRNA是小分子 ncRNA(24-31nt)能够与 Argonaute公司家族的 皮维蛋白形成复合物。piRNA的特点是 5’端有尿苷,3’端有 2'-O型-甲基修饰。其主要作用是在种系发育过程中沉默转座因子。
小分子干扰RNA(siRNA)
小干扰RNA路线dsRNA完Dicer公司加工成长度为 20-24吨的成熟 小干扰RNA加载到 RISC公司后指导沉默。与 微小RNA相似,它们通过被称为 核糖核酸干扰 (RNAi)的过程介导转录后沉默,在该过程中,小干扰RNA干扰互补核苷酸序列的表达。
长链非编码RNA(lncRNA)
lncRNA被视为长度 > 200吨的非蛋白编码转录本。大多数非编码 核糖核酸都属于这一类。许多 lncRNA会受到剪接、多聚腺苷酸化等转录后修饰,可根据其与蛋白编码基因的接近程度进行分类。lncRNA的一个亚群被命名为长链基因间非编码 RNA(lincRNA)其标志是其启动子处组蛋白 H3(H3K4me3)上 K4公司的三甲基化和沿转录区组蛋白 H3(H3K36me3)上 K36公司的三甲基化。LincRNA默,默Xist(X-工作和管理
增强子RNA(eRNA)和启动子相关RNA(PAR)
这两种 非编码RNA最近被描述过,其作用尚不清楚。增强子 核糖核酸是非编码转录本,平均长度为 800吨(范围在 0.1-9千字节之间),由 H3(H3meK4)、RNA Pol II和共激活因子(如 第300页)上富含单甲基化赖氨酸 4的区域产生,这些区域将其与 lncRNA区分开来。据推测,电子核糖核酸充当转录激活因子。标准是非编码转录本,长度范围在 16吨至 200吨之间,一般在转录起始位点附近或启动子上游元件中表达。大多数 标准与高表达基因相关,但其表达较弱,半衰期较短。据推测,标准与转录激活和抑制有关。
核糖核酸-蛋白质相互作用分析
鉴于我们开始认识到 核糖核酸不仅在转录、剪接和翻译等得到确认的过程中发挥作用,而且还通过 非编码RNA在 核糖核酸等等核糖核酸-质量工作
研究 核糖核酸-蛋白质相互作用最常见的两种技术是 RIP(RNA免疫沉淀)和 夹子(UV交联和免疫沉淀)。这两种技术都是比较流行的 DNA-蛋白质相互作用研究方案(称为染色质免疫沉淀 (ChIP))的变体。
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安息通过免疫沉淀目的 核糖核酸结合蛋白及其相关RNA用于绘制体内 核糖核酸-蛋白相互作用图。
然后通过 核糖核酸提取分离纯化的 核糖核酸-蛋白复合物,并通过 逆转录聚合酶链反应确定 核糖核酸的身份。随着近十年来对 核糖核酸的研究不断深入,人们对 安息的兴趣也随之加强,因此开发出了更好的 安息方案。
削减是一种相关技术,与 安息不同,削减使用紫外线辐射将 核糖核酸结合蛋白与其结合的 核糖核酸交联。这种共价键是不可逆的,允许采用严格的纯化条件去除非特异性污染 RNA美国安息不同,削减提供关于 核糖核酸上实际蛋白结合位点的信息。夹子越来越多地用于绘制 核糖核酸结合蛋白在整个转录组的结合位点。
安息缔约国(PDF格式)
削减方案手册 (PDF格式)
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