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康奈尔大学 萨米 贾弗里 实验室最近发表的一篇论文中提出了一种在真核生物核糖核酸中高分辨率定位 N6号-甲基腺苷的新方法,称为 M6安培 苷 (miCLIP)法。
虽然M6安培是真核生物信使核糖核酸中最丰富的修饰碱基,但利用现有方法对其进行准确研究仍存在局限性。高分辨率定位M6安培的新方法对了解这种表观遗传学核糖核酸修饰至关重要。
在此处查看我们的 6安培抗体。
F类了解更多关于核糖核酸修饰实验方案和内容的信息.
miCLIP公司法
1使用三唑从高铁293细胞系(人)或(小鼠)中提取核糖核酸。
修改自Linder等人(2015)《自然方法》12:767–772
miCLIP公司的原理
通过交联 核糖核酸-m6A 抗体结合位点,在抗体结合的核糖核酸进行逆转录时,这些特异性位点上将发生突变。
对这种独有的突变特征(例如,C-T公司转换或截短)进行测序可精确定位M6安培。
现有m6A检测方法面临的挑战现有 6安培检测方法的挑战
现有的MeRIP-seq公司或m6A-seq型技术知识产权和 6毫安 特异性抗体,然后对100个左右的核苷酸核糖核酸片段进行测序。
该方法有两个主要的局限:
{cke_protected_1}生物信息学M6安培检测中的偏差 — 先验假设基于已知的包含M6安培残基的共有序列,因此忽略了这些基序之外的修饰。
《中国人》DNA甲基化检测中面临的相同问题,该方法通过重亚硫酸钠处理来区分修饰和未修饰的胞嘧啶残基。由于M6安培和未修饰腺苷酸之间缺乏可区分的化学特性,因而无法使用相似的方法定量M6安培。
miCLIP公司的优势和应用
miCLIP公司能对单个 6安培残基进行高分辨率检测并对整个 核糖核酸进行 6安培聚类分析。使用 miCLIP、研究人员能够定位人和小鼠 信使核糖核酸中单核苷酸分辨率水平的 M6安培和相关的二甲基化形式的 m6安(N6,2′-O-二甲基腺苷)。
此外,miCLIP公司的发展为 6毫米修饰提供了新见解,该修饰发生在 5’ 端转录起始位点。这促进了对 核糖核酸中这种知之甚少的独有的表观遗传学特征的功能的研究。
研究人员还证实,miCLIP公司适用于更小的 RNA阿拉伯联合酋长国6安培存在于小核仁 RNA(snoRNA)等一类小型非编码 核糖核酸中。由于缺乏特异性以及生物信息学面临的挑战,这在以前的应用中是不可能发现的。
发展趋势
对 miCLIP公司与以往方法的全面验证表明,miCLIP公司是一种高灵敏度工具,可精确定位真核生物转录组中的 6安培和 m6Am RNA修饰。
如果能获得特异性的抗体,这种基于抗体的技术很可能被广泛应用于 核糖核酸中国
这一进展可能会打开高分辨率表观遗传定位和揭示 核糖核酸机制的表观遗传控制的新世界。
过去的方法使用抗体免疫沉淀(使用 6安培特异性抗体)检测和定位 核糖核酸中的 6安培并对 100个左右的核苷酸 核糖核酸片段进行测序,这种方法被称作 m6A-seq型或 MeRIP-seq公司该方法只能确定 M6安培位点的大致位置,不能精确鉴定修饰残基的特定位置。
生物信息学 m6A英寸检测”中的偏差是该技术的另一个局限。先验假设基于已知的包含 6安培残基的共有序列,因此忽略了这些基序之外的 m6A
更大的挑战是 6安培和未修饰腺苷碱基之间缺乏可区分的化学结构。与此不同的是,DNA甲基化可以通过重亚硫酸盐处理,在未修饰的碱基上插入一个新碱基,从而区分修饰和未修饰的胞嘧啶残基,但使用该方法无法定量 m6A
阅读全文:Linder等人(2015)《自然方法》