摘要
近年来,由于序列数据的快速增长,对快速序列比对的需求不断增加。同时,随着计算能力的增长,最优序列比对算法又成为这些分析的重点。这项工作为基于最佳序列比对的快速数据库搜索提供了一个新库。它在多线程和单指令多数据(SIMD)操作上执行加速的数据库搜索。该库实现了Rognes方法,用于加速数据库搜索,同时设计了可扩展性。模块化结构便于新算法和改进算法的集成。此外,库的应用程序可编程接口(API)设计为易于使用和灵活,允许广泛配置计算。除了模块化结构外,其关键特性是基于SIMD指令的数据库搜索。这些是针对广泛使用的数据流单指令多数据扩展指令集(SSE)和实现两倍宽寄存器的最新高级矢量扩展指令集进行优化的。本论文的重点是评估libssa的性能和数据库搜索的优化实现,重点是AVX在SSE上的计算优势。结果表明,AVX的性能比SSE提高了1.83倍。