超家族1.75 HMM库和基因组分配服务器

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金属水解酶/氧化还原酶超家族

SCOP分类
root 超家族中的SCOP层次[(11)
α和β蛋白(A+B)[五万三千九百三十一(376)
折叠: 金属水解酶/氧化还原酶[五万六千二百八十]
超家族 金属水解酶/氧化还原酶[五万六千二百八十一(14)
家庭 锌金属β-内酰胺酶[五万六千二百八十二]
  假设蛋白TM0207[十万三千三百一十七]
  Glyoxalase II(羟酰基谷胱甘肽水解酶)[五万六千二百八十八]
  RO N-末端结构域[五万六千二百九十一(3)
  甲基对硫磷水解酶[十一万一千二百二十七]
  辅酶PQQ合成蛋白B,PqqB[十一万八千一百四十六]
  核糖核酸酶Z样[十四万三千九百一十六]
  PCE催化结构域[十四万三千九百二十一]
  像YHFI的[十四万三千九百二十四]
  β-半胱氨酸天冬氨酸RNA代谢水解酶[十四万三千九百二十七(4)
  TM0894型[十四万三千九百三十]
  AVA3068型[十六万零八百五十八]
  烷基硫酸酯酶样[十六万零八百六十一]
  类量子阱[十六万零八百六十四]


超家族统计
基因组(3236) UnPROT 2018Y03基因组 PDB链(SCOP)一点七五
三万九千四百七十九 三十万五千九百一十四 四十七
蛋白质 三万八千八百三十三 三十万三千八百二十 四十六


功能注释
一般范畴 代谢
详细类别 氧化还原反应

文件
SCOP域超家族的功能诠释

酶委员会(EC)

显示细节
电子商务术语FDR(全部)SDEO级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)酯键作用信息最少直接的
酶委员会(EC)氧化还原酶信息最少继承
酶委员会(EC)产生5’-磷酸单酯的内切核糖核酸酶适度信息直接的
酶委员会(EC)磷酸二酯水解酶适度信息继承
酶委员会(EC)羧酸酯类水解酶适度信息继承
酶委员会(EC)作用于配对捐赠者,合并或红色零点零零三六三二适度信息继承
酶委员会(EC)硫酯水解酶翔实的直接的
酶委员会(EC)环状酰胺类化合物零点零零零零零零零零零八二六四翔实的直接的
酶委员会(EC)β-内酰胺酶高度信息化直接的

文件SCOP域的EC注释

Worm Phenotype(WP)

显示细节
WP项FDR(全部)SDWP级注释(直接或继承)
Worm Phenotype(WP)发育时序变异零点二四三六信息最少继承
Worm Phenotype(WP)发展初期有缺陷的早期EMB零点零零零零零二八零八高度信息化直接的
Worm Phenotype(WP)缓慢发展零点零零零零零二九三四高度信息化直接的

文件SCOP域的WP注释

酵母表型(YP)

显示细节 文件SCOP域的YP注释

飞行解剖学(FA)

显示细节
FA项FDR(全部)SDFA能级注释(直接或继承)
飞行解剖学(FA)体细胞信息最少直接的
飞行解剖学(FA)体细胞前体细胞适度信息直接的
飞行解剖学(FA)神经节母细胞翔实的直接的
飞行解剖学(FA)脂肪体零点零零零二零五七翔实的直接的

文件SCOP域的FA注记

爪蟾解剖学(XA)

显示细节 文件SCOP域的XA注释

拟南芥植物本体(AP)

显示细节
AP项FDR(全部)SDAP级注释(直接或继承)
植物解剖实体(PAN)保卫细胞信息最少直接的
植物解剖实体(PAN)茎轴零点零零六八九四信息最少继承
植物解剖实体(PAN)花序零点零七一五二信息最少继承

文件SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

显示细节
电子商务术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)水解酶类信息最少直接的
酶委员会(EC)氧化还原酶信息最少继承
酶委员会(EC)作用于碳氮键,而不是肽键适度信息继承
酶委员会(EC)硫酯水解酶翔实的直接的
酶委员会(EC)产生5’-磷酸单酯的内切核糖核酸酶翔实的直接的
酶委员会(EC)作用于配对供体,结合或减少分子氧。氧结合零点零一一八三翔实的继承
酶委员会(EC)作用于单一供体,加入分子氧(氧合酶)。氧结合零点零六二零四翔实的继承
酶委员会(EC)磷酸二酯水解酶零点九五三五翔实的继承
酶委员会(EC)羧酸酯类水解酶翔实的继承
酶委员会(EC)用另一种化合物作为一个供体,并掺入一个氧原子。高度信息化直接的
酶委员会(EC)掺入两个氧原子零点零四九五一高度信息化继承

文件SCOP域的EC注释

UnPurkkb关键词(KW)

显示细节
千瓦术语FDR(全部)SDKW电平注释(直接或继承)
翻译后修饰水解酶零点零零零零一三二八信息最少直接的

文件SCOP域的KW注释

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内部数据库链接

浏览这个超家族的基因组任务。超家族隐马尔可夫模型库已经被用于在超家族层面上对所有基因组进行SCOP域分配。


序列比对56种模式在这个超家族中,点击上面的“对齐”图标是可用的。默认情况下,PDB序列小于40%相同,但任何其他序列都可以对齐。选择PDB序列,基因组序列,或粘贴或上传自己的序列。


浏览和观察基因组中的蛋白质,它们具有不同的结构域组合,包括金属水解酶/氧化还原酶结构域。


检查域超家族或家族在一个王国内的主要分类学王国或基因组中的分布。这给人的印象是,超家族或家庭如何被限制到某些生命王国。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含超家族感兴趣的领域体系结构(共享基因组之间)。

有56个隐马尔可夫模型代表金属水解酶/氧化还原酶超家族。关于模型如何建立的信息和图表显示疏水性匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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