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蠕虫表型(WP):延迟异慢性变异(显示信息)
表型本体与基因本体论(GO)一样,表型本体论通过将单个术语视为节点及其与父项(允许多个父项)的关系视为有向边,将基因突变/空表型信息从顶部非常一般的术语分类并组织到有向无环图(DAG)中更具体的术语。要导航此层次结构,我们显示所有亲本表型项按与当前项的最短距离排序的当前感兴趣的表型项。此外,仅直接儿童表型术语列出了当前表型术语的。我们纳入的表型本体如下:
- 疾病本体(DO)DO通过将DO术语广泛交叉映射到MeSH、ICD、NCI词库、SNOMED和OMIM,在语义上集成了疾病和医学词汇。
- 人类表型(HP)本体(HP)HP捕获OMIM中描述的表型异常以及相应的致病基因。它包括三个互补的生物学概念:遗传模式(MI)、ONset_and_clinical_course(ON)和表型异常(PA)。
- 小鼠表型(MP)本体(MP)MP描述了特定基因被基因破坏后小鼠的表型。利用它,小鼠基因组信息学(MGI)为小鼠提供了高覆盖率的基因水平表型。
- 蠕虫表型本体WP对秀丽线虫和其他线虫的表型描述进行分类和组织。使用它,WormBase为秀丽线虫的表型注释提供了主要资源。
- 酵母表型本体酵母基因组数据库(SGD)基于对子囊菌表型本体的主要贡献者YP,为酵母基因组中的每个基因提供单一突变表型。
- 苍蝇表型本体FP指FlyBase控制的词汇表。具体来说,FlyBase中的等位基因注释(针对其诱变剂等)使用结构化受控词汇。
- 蝇类解剖本体FA是黑腹果蝇解剖结构的结构化受控词汇,用于描述表型和基因表达的位置。
- 斑马鱼解剖学本体ZA使用标准解剖学术语和受影响的基因显示斑马鱼的解剖学术语。
- 爪蟾解剖学本体XA代表青蛙(非洲爪蟾和热带爪蟾)的组织谱系和发育时间。它用于注释非洲爪蟾的基因表达模式以及突变体和变形表型。
- 拟南芥植物本体(AP)作为描述植物解剖和形态结构(AN)以及生长发育阶段(DE)的植物本体的主要贡献者,拟南芥信息资源(TAIR)为模式高等植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)提供了拟南芥子植物本体注释。
- 酶委员会(EC)本体(EC)每种酶都分配了一个四位数的EC编号,其前三位数字定义了催化的反应,第四位数字是唯一的标识符(序列号)。每种酶都有一个系统名称,唯一地定义了所催化的反应。
- DrugBank ATC(DB)本体(DB)在解剖治疗化学(ATC)分类系统中,药物根据其作用的器官或系统(第一级,解剖主要组)及其治疗(第二级,治疗亚组)、药理(第三级,药理亚组)分为五个不同级别的组和化学性质(第4级,化学亚组;第5级,化学物质)。只考虑DrugBank中的药物。
- UniProtKB关键字(KW)本体UniProtKB中的关键字是受控词汇表,提供条目内容的摘要,并用于基于10个类别(此处不包括“技术术语”类别)索引UniProtKB/Swiss-Prot条目。每个关键字都手动归属于UniProtKB/Swiss-Prot条目,并自动归属于UniProtKB/TrEMBL条目(根据特定的注释规则)。
- UniProtKB UniPathway(UP)本体UP是一个完全手动管理的资源,用于表示和注释代谢途径,在UniProtKB中用作路径注释的受控词汇。
结构域表型本体及其注释蛋白质结构分类(SCOP)将进化相关域划分为超级家族水平和家庭级别。利用上述表型本体,我们生成了以域为中心的表型注释,并进一步确定了注释SCOP域信息最丰富的表型术语。令人欣慰的是,以域为中心的表型注释可以作为探索基因型-表型关系的另一个起点。我们为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
超域表型本体及其注释虽然以域为中心的注释在描述独立域的表型性质方面有很大的希望,但大多数域本身可能不只是单独工作。在多域蛋白质中,它们可以结合在一起形成不同的域结构。现有结构域的重组被认为是表型多样性的主要驱动力之一。作为扩展,我们还生成了超域表型本体及其注释。与以域为中心的表型本体论和注释(SCOP域超级家族水平和家庭级别),此版本仅关注超域和单个SCOP域超级家族级别。此外,就单个超家族而言,以域为中心版本的注释可能与超域版本的注释不同。根据您的关注点,前者应用于考虑超级家族水平和家庭级别,否则,如果您对域组合感兴趣,应使用后者。此外,我们还为下载提供了几个相关文件,包括每个表型本体的注释和相应的本体。
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根:WP层次结构(来自Wormbase版本WS226的蠕虫表型)
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超级家族(显示详细信息)
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家庭(显示详细信息)
注释到此WP术语的家族域(不在SDWP中)
以灰色突出显示的是FDR_all>0.001的那些
在系统发育树上为超级家族和/或家庭由该表型术语注释的域
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将树绘制为:
| | 下载Newick格式树:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质域生成存在/缺失矩阵超级家族中所有基因组的结构数据。这个PAUP公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合,或特定的分支,可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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超域(包括单个超家族)(显示详细信息)
注释到此WP术语的超域(不在SPWP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
(显示详细信息)
注释到此WP术语的超域(不在SPWP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
81631,55003 8月31日-PAP/OAS1底物结合结构域 55003个-PAP/考古CCA-添加酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
56176,55103 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 55103 -FAD-连接氧化酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
51735,55347 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 55347 -甘油醛-3-磷酸脱氢酶样,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
48425,50729 48425 -Sec7域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
51556,51338 51556 -金属依赖性水解酶 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 | 0 | 直接 |
51971,54373 51971 -核苷酸结合域 54373 -FAD连接的还原酶,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677 -ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
52518,52518 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) | 0 | 直接 |
81324,53850 81324 -电压门控钾通道 53850 -周质结合蛋白样II | 0 | 直接 |
47741,56176 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 | 0 | 直接 |
54897,53187 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 53187 -锌依赖性外肽酶 | 0 | 直接 |
81383,52047 81383 -F盒域 52047 -类似RNI | 0 | 直接 |
54495,46934 54495 -类UBC 46934 -类似UBA | 0 | 直接 |
54665,56003 54665 -CO脱氢酶钼蛋白N域样 56003 -钼辅因子结合域 | 0 | 直接 |
57362,57362 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI | 0 | 直接 |
55486,50923 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 50923 -血红素样结构域 | 0 | 直接 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
49742,49742 49742 -PHM/PN气体F 49742 -PHM/PN气体F | 0 | 直接 |
51338,51556 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 51556 -金属依赖性水解酶 | 0 | 直接 |
81383,50978 81383 -F盒域 50978 -WD40重复 | 0 | 直接 |
51905,56425 51905 -FAD/NAD(P)结合结构域 56425 -琥珀酸脱氢酶/富马酸还原酶黄素蛋白,催化结构域 | 0 | 直接 |
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 | 0 | 直接 |
50978,50998 50978 -WD40重复 50998 -奎诺蛋白醇脱氢酶类 | 0 | 直接 |
56601,48403 56601 -β-内酰胺酶/转肽酶样 48403 -Ankyrin重复 | 0 | 直接 |
81324,81296 81324 -电压门控钾通道 81296个-E集域 | 0 | 直接 |
52047,52047 52047 -类似RNI 52047 -类似RNI | 0 | 直接 |
144232,82199 144232 -HIT/MYND锌指状 82199 -SET域 | 0 | 直接 |
68923,53795 68923 -PEP羧激酶N末端结构域 53795 -PEP羧激酶样 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
81324,81327 81324 -电压门控钾通道 81327 -小电导率钾通道 | 0 | 直接 |
47576,47576 47576 -钙粘蛋白同源结构域 47576 -钙粘蛋白同源结构域 | 0 | 直接 |
52518,52922 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) 52922 -TK C端子域状 | 0 | 直接 |
47587,56399 47587 -聚(ADP-核糖)聚合酶的结构域 56399 -ADP核糖基化 | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
47203,47203 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
49562,48371 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 48371 -ARM重复 | 0 | 直接 |
57196,63825 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 | 0 | 直接 |
53187,55031 53187 -锌依赖性外肽酶 55031 -细菌外肽酶二聚结构域 | 0 | 直接 |
55920,46785 55920个-肌酸酶/氨肽酶 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
55326,56042 55326 -PurM N末端类域 56042 -PurM C端域样 | 0 | 直接 |
48334,52540 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54534,54534 54534 -类FKBP 54534 -类FKBP | 0 | 直接 |
141739,141739 141739 -MFPT重复 141739 -MFPT重复 | 0 | 直接 |
47473,103506 47473 -结构域 103506 -线粒体载体 | 0 | 直接 |
49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0 | 直接 |
57196,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
55681,52954 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 52954 -II类aaRS ABD相关 | 0 | 直接 |
47090,55486 47090 -类PGBD 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 | 0 | 直接 |
81698,81698 81698 -FF域 81698 -FF域 | 0 | 直接 |
51445,54556 51445 -(反式)糖苷酶 54556 -几丁质酶插入域 | 0 | 直接 |
54001,49758 54001个-半胱氨酸蛋白酶 49758 -钙蛋白酶大亚单位,中间结构域(结构域III) | 0 | 直接 |
50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
161093,161093 161093年-MgtE类膜 161093年-MgtE类膜 | 0 | 直接 |
55973,55973 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 | 0 | 直接 |
55394,55394 55394 -杀菌渗透性增强蛋白 55394 -杀菌渗透性增强蛋白 | 0 | 直接 |
51735,56327 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 56327 -LDH C-末端结构域样 | 0 | 直接 |
57903,51197 57903 -FYVE/PHD锌指 51197 -Clavaminate合酶样 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
55729,55729 55729个-酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) 55729个-酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) | 0 | 直接 |
54160,54160 54160 -类色度域 54160 -类色度域 | 0 | 直接 |
56112,48371 56112 -蛋白激酶样(PK-like) 48371 -ARM重复 | 0 | 直接 |
47769,47769 47769 -SAM/指向域 47769 -SAM/指向域 | 0 | 直接 |
57903,82199 57903 -FYVE/PHD锌指 82199 -SET域 | 0 | 直接 |
46785,46785 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
52540,140990 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 140990 -FtsH蛋白酶域样 | 0 | 直接 |
57850,117839 57850 -环/U形盒 117839 -WWE域 | 0 | 直接 |
48403,52151 48403 -Ankyrin重复 52151 -FabD/溶血磷脂酶样 | 0 | 直接 |
52540,46785 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
48179,48179 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
47895,52540 47895 -转导蛋白(α亚单位),插入域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
141673,50800 141673 -MOSC N端类畴 50800 -PKβ-桶状结构域样 | 0 | 直接 |
55874,54211 55874 -HSP90伴侣/DNA拓扑异构酶II/组氨酸激酶的ATP酶域 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 | 0 | 直接 |
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
56672,100879 56672 -DNA/RNA聚合酶 2008年-病变旁路DNA聚合酶(Y家族),小指域 | 0 | 直接 |
161111,160240 161111 -阳离子流出蛋白跨膜结构域样 160240 -阳离子流出蛋白胞质域样 | 0 | 直接 |
52540,81271 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 81271 -类TGS | 0 | 直接 |
64356,49447 64356 -像蛇一样 49447 -ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基(ap50)的第二域 | 0 | 直接 |
57863,48403 57863 -ArfGap/RecO-like锌指 48403 -Ankyrin重复 | 0 | 直接 |
55486,57552 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 57552 -凝血抑制剂(去整合素) | 0 | 直接 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 | 0 | 直接 |
54292,47741 54292 -2Fe-2S类铁氧还蛋白 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 | 0 | 直接 |
47954,47954 47954 -类周期蛋白 47954 -类周期蛋白 | 1 | 继承自:发展缓慢||胚胎发育缓慢 |
N到C端顺序的超域(双工) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
81631,55003 8月31日-PAP/OAS1底物结合结构域 55003个-PAP/考古CCA-添加酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
56176,55103 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 55103 -FAD-连接氧化酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
47473,51695 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
51735,55347 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 55347 -甘油醛-3-磷酸脱氢酶样,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
48425,50729 48425 -Sec7域 50729 -PH类域 | 0 | 直接 |
51556,51338 51556 -金属依赖性水解酶 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 | 0 | 直接 |
51971,54373 51971 -核苷酸结合域 54373 -FAD连接的还原酶,C-末端结构域 | 0 | 直接 |
46938,52087 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 | 0 | 直接 |
50677,52374 50677 -ValRS/IleRS/LeuRS编辑域 52374 -核苷酸酰转移酶 | 0 | 直接 |
52518,52518 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) | 0 | 直接 |
81324,53850 81324 -电压门控钾通道 53850 -周质结合蛋白样II | 0 | 直接 |
47741,56176 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 | 0 | 直接 |
54897,53187 54897 -蛋白酶前肽/抑制剂 53187 -锌依赖性外肽酶 | 0 | 直接 |
81383,52047 81383 -F盒域 52047 -类似RNI | 0 | 直接 |
54495,46934 54495 -类UBC 46934 -类似UBA | 0 | 直接 |
54665,56003 54665 -CO脱氢酶钼蛋白N域样 56003 -钼辅因子结合域 | 0 | 直接 |
57362,57362 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI | 0 | 直接 |
55486,50923 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 50923 -血红素样结构域 | 0 | 直接 |
52540,90123 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
49742,49742 49742 -PHM/PN气体F 49742 -PHM/PN气体F | 0 | 直接 |
51338,51556 51338 -金属依赖水解酶的复合结构域 51556 -金属依赖性水解酶 | 0 | 直接 |
81383,50978 81383 -F盒域 50978 -WD40重复 | 0 | 直接 |
51905,56425 51905 -FAD/NAD(P)结合结构域 56425 -琥珀酸脱氢酶/富马酸还原酶黄素蛋白,催化结构域 | 0 | 直接 |
52440,56059 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 | 0 | 直接 |
50978,50998 50978 -WD40重复 50998 -奎诺蛋白醇脱氢酶类 | 0 | 直接 |
56601,48403 56601 -β-内酰胺酶/转肽酶样 48403 -Ankyrin重复 | 0 | 直接 |
81324,81296 81324 -电压门控钾通道 81296个-E集域 | 0 | 直接 |
52047,52047 52047 -类似RNI 52047 -类似RNI | 0 | 直接 |
144232,82199 144232 -HIT/MYND锌指状 82199 -SET域 | 0 | 直接 |
68923,53795 68923 -PEP羧激酶N末端结构域 53795 -PEP羧激酶样 | 0 | 直接 |
50729,47473 50729 -PH类域 47473 -结构域 | 0 | 直接 |
81324,81327 81324 -电压门控钾通道 81327 -小电导率钾通道 | 0 | 直接 |
47576,47576 47576 -钙粘蛋白同源结构域 47576 -钙粘蛋白同源结构域 | 0 | 直接 |
52518,52922 52518 -二磷酸硫胺素结合褶皱(THDP-结合) 52922 -TK C端子域状 | 0 | 直接 |
47587,56399 47587 -聚(ADP-核糖)聚合酶的结构域 56399 -ADP核糖基化 | 0 | 直接 |
52540,47917 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 47917 -F1 ATP合成酶α和β亚基的C末端结构域 | 0 | 直接 |
47203,47203 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
49562,48371 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 48371 -ARM重复 | 0 | 直接 |
57196,63825 57196 -EGF/层粘连蛋白 63825 -YWTD域 | 0 | 直接 |
53187,55031 53187 -锌依赖性外肽酶 55031 -细菌外肽酶二聚结构域 | 0 | 直接 |
55920,46785 55920个-肌酸酶/氨肽酶 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
55326,56042 55326 -PurM N末端类域 56042 -PurM C端域样 | 0 | 直接 |
48334,52540 48334 -DNA修复蛋白MutS,结构域III 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
54534,54534 54534 -类FKBP 54534 -类FKBP | 0 | 直接 |
141739,141739 141739 -MFPT重复 141739 -MFPT重复 | 0 | 直接 |
47473,103506 47473 -结构域 103506 -线粒体载体 | 0 | 直接 |
49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0 | 直接 |
57196,49899 57196 -EGF/层粘连蛋白 49899 -伴刀豆球蛋白A样凝集素/葡聚糖酶 | 0 | 直接 |
55681,52954 55681 -Ⅱ类aaRS和生物素合成酶 52954 -II类aaRS ABD相关 | 0 | 直接 |
47090,55486 47090 -类PGBD 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 | 0 | 直接 |
81698,81698 81698 -FF域 81698 -FF域 | 0 | 直接 |
51445,54556 51445 -(反式)糖苷酶 54556 -几丁质酶插入域 | 0 | 直接 |
54001,49758 54001个-半胱氨酸蛋白酶 49758 -钙蛋白酶大亚单位,中间结构域(结构域III) | 0 | 直接 |
50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
161093,161093 161093年-MgtE类膜 161093年-MgtE类膜 | 0 | 直接 |
55973,55973 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 | 0 | 直接 |
55394,55394 55394 -杀菌渗透性增强蛋白 55394 -杀菌渗透性增强蛋白 | 0 | 直接 |
51735,56327 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 56327 -LDH C-末端结构域样 | 0 | 直接 |
57903,51197 57903 -FYVE/PHD锌指 51197 -Clavaminate合酶样 | 0 | 直接 |
54585,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
55729,55729 55729个-酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) 55729个-酰基-CoA N-酰基转移酶(Nat) | 0 | 直接 |
54160,54160 54160 -类色度域 54160 -类色度域 | 0 | 直接 |
56112,48371 56112 -蛋白激酶样(PK-like) 48371 -ARM重复 | 0 | 直接 |
47769,47769 47769 -SAM/指向域 47769 -SAM/指向域 | 0 | 直接 |
57903,82199 57903 -FYVE/PHD锌指 82199 -SET域 | 0 | 直接 |
46785,46785 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
52540,140990 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 140990 -FtsH蛋白酶域样 | 0 | 直接 |
57850,117839 57850 -环/U形盒 117839 -WWE域 | 0 | 直接 |
48403,52151 48403 -Ankyrin重复 52151 -FabD/溶血磷脂酶样 | 0 | 直接 |
52540,46785 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 46785人-“翼螺旋”DNA-结合域 | 0 | 直接 |
48179,48179 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
47895,52540 47895 -转导蛋白(α亚单位),插入域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
141673,50800 141673 -MOSC N端类畴 50800 -PKβ-桶状结构域样 | 0 | 直接 |
55874,54211 55874个-HSP90伴侣/DNA拓扑异构酶II/组氨酸激酶的ATP酶域 54211 -核糖体蛋白S5结构域2样 | 0 | 直接 |
50692,54585 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 | 0 | 直接 |
56059,51246 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
56672,100879 56672 -DNA/RNA聚合酶 2008年-病变旁路DNA聚合酶(Y家族),小指域 | 0 | 直接 |
161111,160240 161111 -阳离子流出蛋白跨膜结构域样 160240 -阳离子流出蛋白胞质域样 | 0 | 直接 |
52540,81271 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 81271 -类TGS | 0 | 直接 |
64356,49447 64356 -像蛇一样 49447 -ap2适配器的Mu2适配蛋白亚基(ap50)的第二域 | 0 | 直接 |
57863,48403 57863 -ArfGap/RecO-like锌指 48403 -Ankyrin重复 | 0 | 直接 |
55486,57552 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 57552 -凝血抑制剂(去整合素) | 0 | 直接 |
54160,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 | 0 | 直接 |
54292,47741 54292 -2Fe-2S类铁氧还蛋白 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 | 0 | 直接 |
47954,47954 47954 -类周期蛋白 47954 -类周期蛋白 | 1 | 继承 |
(显示详细信息)
注释到此WP术语的超域(不在SPWP中)
以灰色突出显示的是FDR>0.001的那些
N到C端顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
56436,49854,49854 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0 | 直接 |
54160,54160,52540 54160 -类色度域 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
51735,48179,48179 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
52540,52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
81301,81631,55003 81301 -核苷酸转移酶 8月31日-PAP/OAS1底物结合结构域 55003个-PAP/考古CCA-添加酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
57535,57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 | 0 | 直接 |
46938,52087,101576 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 101576 -上清液蛋白因子(SPF),C末端结构域 | 0 | 直接 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
49562,48371,56112 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 48371 -ARM重复 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
49313,49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0 | 直接 |
57362,57362,57362 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI | 0 | 直接 |
47090,55486,50923 47090 -类PGBD 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 50923 -血红素样结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473,51695 50729 -PH类域 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
55973,55973,55973 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 | 0 | 直接 |
54292,47741,56176 54292 -2Fe-2S类铁氧还蛋白 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 | 0 | 直接 |
52440,56059,51246 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50249,50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56645,47203,47203 56645 -酰基辅酶A脱氢酶NM结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
48726,49265,48726 48726 -免疫球蛋白 49265 -纤维连接蛋白III型 48726 -免疫球蛋白 | 0 | 直接 |
57567,57567,57567 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 | 0 | 直接 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50044,50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
N到C端顺序的超域(三重) |
FDR(全部) |
注释(直接或继承) |
56436,49854,49854 56436 -C型凝集素样 49854 -精粘连蛋白,CUB域 49854 -精粘连蛋白,CUB域 | 0 | 直接 |
54160,54160,52540 54160 -类色度域 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
51735,48179,48179 51735 -NAD(P)-结合Rossmann-fold域 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 48179 -6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
52540,52540,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
81301,81631,55003 81301 -核苷酸转移酶 8月31日-PAP/OAS1底物结合结构域 55003个-PAP/考古CCA-添加酶,C末端结构域 | 0 | 直接 |
57535,57535,57535 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 57535 -补充控制模块/SCR域 | 0 | 直接 |
46938,52087,101576 46938 -CRAL/TRIO N端域 52087 -CRAL/TRIO域 101576 -上清液蛋白因子(SPF),C末端结构域 | 0 | 直接 |
90123,52540,90123 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 | 0 | 直接 |
49562,48371,56112 49562 -C2结构域(钙/脂质结合结构域,CaLB) 48371 -ARM重复 56112 -蛋白激酶样(PK-like) | 0 | 直接 |
52540,90123,52540 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 90123 -ABC转运蛋白跨膜区 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
49313,49313,49313 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 49313 -类钙粘蛋白 | 0 | 直接 |
57362,57362,57362 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI 57362 -类似BPTI | 0 | 直接 |
47090,55486,50923 47090 -类PGBD 55486个-金属蛋白酶(“锌蛋白”),催化域 50923 -血红素样结构域 | 0 | 直接 |
50729,47473,51695 50729 -PH类域 47473 -结构域 51695 -类PLC磷酸二酯酶 | 0 | 直接 |
55973,55973,55973 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 55973 -腺苷甲硫氨酸合成酶 | 0 | 直接 |
54292,47741,56176 54292 -2Fe-2S类铁氧还蛋白 47741 -CO脱氢酶ISP C结构域样 56176 -FAD-结合/转运蛋白相关域样 | 0 | 直接 |
52440,56059,51246 52440 -PreATP-抓取域 56059 -谷胱甘肽合成酶ATP-结合域样 51246 -初级单杂交母题 | 0 | 直接 |
50692,54585,52540 50692 -类ADC 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50249,50249,50249 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 50249 -核酸结合蛋白 | 0 | 直接 |
54585,52540,52540 54585 -Cdc48域2-类 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
56645,47203,47203 56645 -酰基辅酶A脱氢酶NM结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 47203 -酰基辅酶A脱氢酶C末端结构域样 | 0 | 直接 |
48726,49265,48726 48726 -免疫球蛋白 49265 -纤维连接蛋白III型 48726 -免疫球蛋白 | 0 | 直接 |
57567,57567,57567 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 57567 -丝氨酸蛋白酶抑制剂 | 0 | 直接 |
54160,52540,52540 54160 -类色度域 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 52540 -含P-loop的三磷酸核苷水解酶 | 0 | 直接 |
50044,50044,50044 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 50044 -SH3-域 | 0 | 直接 |
在系统发育树上为超域(单个/单个)用这个表型术语注释
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将树绘制为:
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(显示帮助)
树木依据树向量
使用蛋白质结构域和超结构域生成存在/缺失矩阵超级家族中的所有基因组。这个RAxML公司软件用于使用启发式简约方法。基因组组合,或特定的分支,可以显示为如果有单株树的话。然而,该数据是从单个大树。这会产生比生成树时更高质量的拓扑并允许树立即显示。
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