太空人-基于EM和Markov模型的空间聚类




                          



关于软件

这个太空人 专用于软件基于EM和Markov模型的空间聚类它提出了多种多维和空间定位数据的监督和无监督分类算法。主要技术使用EM算法进行软聚类,马尔可夫随机场(MRF)进行空间建模。学习和推理部分基于类平均场近似的最新发展。其应用范围包括图像分割(例如 MRI中的组织检测,从高光谱卫星图像检索行星表面特性…)基因聚类(例如生物模块检测),遥感绘制生态物种流行图.

该计划的主要功能包括:

  • 基于模型的无监督分割,包括混合模型和隐马尔可夫随机场模型的标准EM算法
  • 隐马尔可夫随机场模型的模型选择
  • 常用隐马尔可夫随机场模型的仿真研究
  • 噪声图像的独立高斯噪声仿真
  • 新的Markov模型,包括Potts模型和三重态Markov模型的各种扩展
  • 在分类框架内使用降维技术对非常高维数据的附加处理
  • 使用新的分类和测试步骤进行监督和学习
  • 缺失观测的综合处理
  • 数据汇总统计和可视化


信息/新闻

   新版本的spacem3-2.0可用。
此版本包括图形用户界面,可用于Windows和Linux环境(MacOS版本将在不久的将来提供)。


出版物

以下出版物中解释了本软件中使用分段的方法:

  • N、 佩拉德。空间空间分段法的马尔可夫模型近似法(champ moyen des modèles de champ de Markov pour la segmentation de données spatiales)。博士论文,约瑟夫·傅立叶-格勒诺布尔大学,2001年。[法语]
  • F、 福布斯和佩拉德。基于类平均场近似的隐马尔可夫随机场选择准则。IEEE传输。《模式分析与机器智能》,25(8),2003。
  • G、 塞勒克斯,福布斯和佩拉德。基于马尔可夫模型的图像分割中使用类平均场近似的EM程序。模式识别,36(1),第131-1442003页。
  • J、 布兰切特。马尔科夫模型和扩展适用于综合分类法。博士论文,约瑟夫·傅立叶-格勒诺布尔大学,2007年。[法语]
  • J、 布兰切特和福布斯,复杂结构数据监督分类的三重马尔可夫场。IEEE PAMI,30(6),第1055-10672008页。
  • J、 布兰切特,福布斯,肖巴特和阿齐兹,Le logiciel SpaCEM3 pour la classification de données复合体。La Revue MODULAD,40,第147-166页,2009年。[法语]
  • J、 布兰切特和维格斯先生,马尔可夫随机场框架下基于模型的缺失观测重构基因聚类方法。计算生物学杂志,16(3),第475-4862009页。
  • M、 维格斯和福布斯,结合个体和成对特征的整合马尔可夫模型进行基因聚类。IEEE/ACM传输。关于计算生物学和生物信息学,6(2),pp.260-2702009。

关于团队

太空人是几年研究的结果;首先在前一个IS2项目,然后在米斯蒂斯项目所在地在阿尔卑斯山脉. 它也得到了萨博团队(生物学统计和算法) 内部BIA单元图卢兹.

我们的研究集中在处理复杂系统和复杂数据的统计方法的发展上。我们的应用主要包括图像处理和空间数据问题,以及在生物学和医学中的应用。我们的方法基于这样一个陈述,即复杂性可以通过从简单的局部假设中以连贯的方式进行处理,定义一个结构化模型,这是建模、计算、推理和解释的关键。我们考虑的方法一方面涉及混合模型、马尔可夫模型和更普遍的隐藏结构模型,另一方面涉及半参数和非参数方法。


文档

太空人允许用户执行有监督或无监督的分割和模拟。 新的图形界面提供了一个用户友好的环境,允许用户显示分割或模拟的数据和结果。 有关SpaCEM的使用的文档:文档


示例数据集

有些数据集可用于说明,特别是在文档中提到的无监督和有监督的分段示例:数据集. 此文件包含IEEE TCBB计算生物学杂志以上提到的论文。 其他一些玩具示例数据集随软件一起提供。
在JOBIM 2010年会议(法国蒙彼利埃)的ModGraphII卫星上对该软件进行了演示在这里.


许可证

太空人根据许可证 CeciLL-B进行分销(http://cecill.info/).


下载

在下载本软件之前,请花些时间填写以下表格;我们不会将您提供的详细资料用于商业用途。你想下载SpaCEM吗直接按照表格下面的链接。

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联系人

如果您对软件(安装、使用、附带功能)有任何疑问或意见,请随时联系我们:SpaCEM3-help@lists.gforge.inria.fr



上次修改:2010年11月

 

 


协同开发环境