新的、更明亮的和更相干的X射线源的出现，如X射线自由电子激光器（XFEL），代表着应用相干X射线来确定从微米级到埃级材料结构的潜力的巨大增长。我们提出了相干X射线实验的开始到结束（S2E）模拟框架，包括源参数、相干X射线通过光学元件的传播、光子与物质的相互作用以及随后的检测和分析。为了证明这一框架，我们展示了一个单粒子结构测定示例，该示例使用了欧洲正在建设的XFEL[2]中的单粒子、团簇和生物分子（SPB）仪器[1]的参数。我们使用跨平台波动光学软件[4]来传播相干光束，对原子、离子和自由电子的真实空间动力学进行分子动力学处理，以解释辐射损伤[5]，以及扩展最大化压缩（EMC）算法[6]用于在后续阶段化和结构确定之前组装模拟数据。希望这种模拟能够深入了解单粒子成像问题的参数空间的关键区域，从而指导人们更好地利用这些下一代光源。
