分子伴侣前折叠蛋白的表达、纯化、结晶和X射线衍射研究智人

Y.Aikawa先生,H.基达,西谷洋介和K.米奇

人类预折叠蛋白的六个亚单位在大肠杆菌对预折叠蛋白进行重组、纯化和结晶。X射线衍射数据的分辨率为4.7º。

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酮泛酸还原酶的晶体结构柯达热球菌与NADP络合⁺

Y.Aikawa先生,Y.Nishitani公司,H.富田,H.原子和K.米奇

酮泛酸还原酶与NADP配合物的晶体结构⁺以2.3º的分辨率测定。

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[NiFe]-氢化酶成熟因子HypE的结晶和初步X射线晶体学研究柯达卡拉热球菌KOD1公司

T.Arai公司,渡边岛南部,R.Matsumi先生,H.原子,T.伊马纳卡和K.三木

纯化并结晶[NiFe]-氢化酶成熟蛋白HypE。适用于数据采集的HypE晶体衍射至1.55º分辨率。

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大分子抗肿瘤抗生素C-1027的载脂蛋白C-1027-AG的结晶和初步X射线衍射研究球孢链霉菌

P.布里奥佐,K.稻田,Y.南弥,T.大塔尼和K.米奇

C-1027-AG，大分子抗肿瘤抗生素C-1027的载脂蛋白，从球孢链霉菌采用2-甲基-2,4-戊二醇作为沉淀剂，通过蒸汽扩散法结晶。晶体属于正交系，空间群P（P）2₁2₁2₁，具有单元-单元尺寸一= 55.1,b条=61.3和c（c）= 79.1 Å. 假设不对称单元包含两个或三个分子V（V）_米值计算为3.2或2.1º³Da公司^-1分别为。利用同步辐射，共获得7630个独立反射，分辨率高达2.5ºR（右）24 713次测量的系数为0.077。

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三种胆酰胺包合物的结构(S公司)-对映体(R（右）)-对映体或光学拆分的丁醇混合物

P.布里奥佐,T.近藤,K.萨达,M.宫田和K.三木

三种胆酰胺包合物的晶体结构(S公司)-丁醇(R（右）)-已经测定了丁-2-醇和外消旋丁-2-醇。宿主胆酰胺分子形成相同的层状排列，为客体丁醇分子提供通道空间，其中(S公司)-和(R（右）)-丁醇对映体及其衍生物(S公司)-分别容纳对映体的富集混合物。

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模型生物全细胞工程进展，嗜热菌HB8型

A.埃比哈拉,N.中川,M.神奈川,S.佐藤,Y.阿加里,N.毛卡,H.伊诺,A.Kashihara公司,C.库鲁瓦西,R.Masui先生,M.Shirouzu先生,T.Terada公司,K.米奇,横山由纪夫和S.Kuramitsu公司

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ODCase的催化杂合性和机制决定因素——一项高分辨率研究

藤桥先生,黑田东彦,L.P.科特拉,E.F.Pai公司和K.米奇

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鸟氨酸单磷酸脱羧酶催化中的底物畸变

藤桥先生,石田聪,黑田东彦,K.米托,L.Kotra公司,E.Pai公司和K.米奇

酶影响其催化反应的一种方式是通过过渡态稳定。另一个需要考虑的因素是底物畸变的影响，尽管只有少数几种酶对此进行了详细描述。我们对一磷酸鸟氨酸脱羧酶（ODCase）的反应机制有着长期的兴趣，并以1.5º左右的分辨率测定了与畸变底物结合的各种晶体结构。这种酶被称为最有效的酶之一，可加速5’-单磷酸鸟氨酸（OMP）的脱羧反应，形成17个数量级的5’-一磷酸尿苷（UMP）。反对底物畸变对ODCase反应的贡献的一个论点是UMP的弱亲和力。到目前为止观察到的畸变都出现在嘧啶环的C6取代物上，对应于OMP的羧酸盐。由于羧酸盐通过反应去除，如果C6取代物的畸变有助于催化作用，产物UMP与ODCase的结合应比OMP更紧密。为了研究这种不一致性，我们用UMP测定了ODCase在原子分辨率（1.03º）下的晶体结构。该结构表明UMP和催化残基K72之间存在不利的相互作用，这种相互作用被认为在OMP络合物中不存在。表面等离子共振分析表明，UMP与K72A突变体的结合比与野生型酶的结合强5个数量级。这些分析否定了底物畸变对ODCase催化作用的贡献的论点。最后，我们使用计算模拟方法估计了畸变对催化作用的贡献。结果表明，ΔΔG⁄值下降10-15%是由基底畸变引起的。

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基于晶体结构揭示的供体选择性决定簇寻找新的焦磷酸依赖激酶

藤桥先生,R.长田,佐藤（T.Sato）,H.原子和K.米奇

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与Photon工厂和SPring-8的蛋白质晶体学光束线兼容的晶体样品针和存储盒系统

藤桥先生,平木先生,G.上野,S.Baba公司,H.村上春树,铃木先生,N.Watanabe公司,I.田中,A.中川,S.Wakatsuki公司,山本先生和K.米奇

研制了一种新的蛋白质冷冻结晶盒系统。该系统与SPring-8和Photon工厂安装的晶体交换机器人兼容。

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十一烯基二磷酸合成酶的结晶和初步X射线衍射研究黄色微球菌B-P 26号机组

藤桥先生,N.清水,Y.-W.张,T.小山和K.米奇

十一戊基二磷酸合成酶，aZ轴-戊基转移酶型，来自黄体分枝杆菌已经结晶。晶体衍射至少为2.2 光学分辨率，属于单斜空间群C2

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一种岩藻糖特异凝集素的X射线晶体学表征和定相奥兰蒂亚Aleuria aurantia

藤桥先生,D.H.豌豆,E.中岛,T.山田,J.斋藤,A.基塔,Y.Higuchi先生,Y.Sugawara（苏加瓦拉）,A.安藤,北神宫,Y.Nagata（永田）和K.米奇

一种岩藻糖特异性凝集素A.奥兰提亚结晶了。使用汞衍生物，通过MAD方法收集2.2μs分辨率数据集并进行阶段划分。

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用成像板评估蛋白质晶体的X射线衍射数据

一、富士,森本义夫,年。樋口,N.Yasuoka公司,C.片山和K.米奇

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延伸肽折叠的结晶研究

Y.Hanazono公司,K.武田和K.米奇

如体外实验所示，全长蛋白质可以以极快的速度折叠成热力学稳定的结构。相反，完成新生蛋白质折叠比完成全长蛋白质折叠需要更多的时间，因为新生蛋白质折叠取决于活细胞中核糖体生物合成的速度。因此，体内新生的多肽链以不同于全长蛋白质的方式进行共翻译折叠。然而，瞬态结构和共平移折叠途径还没有得到很好的理解。为了揭示新生蛋白质折叠的原子细节，我们研究了hPin1 WW结构域，该结构域由三链β-片之间的两个β-发夹组成。在这里，我们利用圆二色光谱和X射线晶体学报道了一系列氨基酸长度增加的WW域N末端片段结构。在结晶过程中，当新生蛋白质锚定在核糖体上时，麦芽糖结合蛋白就在WW结构域片段后面融合，以固定C末端。基于我们的发现，尽管全长蛋白质没有螺旋区，但中长片段意外地形成螺旋构象，因此我们讨论了富含β-薄片的蛋白质的共翻译折叠。此外，在全长蛋白质环结构之一的区域中，这些片段采取不同的形式。我们的结果表明，新合成的多肽在肽延伸过程中采用了最稳定的构象，并最终折叠成天然结构。

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利用麦芽糖结合蛋白结晶柔性蛋白质的可行性

Y.Hanazono公司,K.武田和K.米奇

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小分子热休克蛋白StHsp14.0的结晶和重原子衍生化tokodaii黄颡鱼

T·林石,T.阿贝,K.武田,北秋山,M.约达和K.米奇

StHsp14.0的一种变体，一种来自东京S.tokodaii已结晶。采用共晶法制备了重原子衍生物晶体。

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细胞色素的结构研究c（c）_z（z）来自绿色光合细菌绿硫菌

Y.平野,M.Higuchi先生,H.Oh-oka先生,K.米奇和Z.-Y.王

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人血清外膜脂蛋白NlpE的纯化、结晶及初步X射线晶体学分析大肠杆菌

Y.平野,M.侯赛因医生,K.武田,H.德田和K.米奇

外膜脂蛋白NlpE的一个水溶性突变体已经过表达、纯化和结晶。在两种不同条件下获得的两种晶体的衍射数据被收集到2.8和3.0º的分辨率，并在空间组中进行处理P（P）4₃2₁2和C分别为2。

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高电位铁硫蛋白的超高分辨率结构

于平野,K.武田,K.栗原,T.塔马达和K.米奇

将价层电子和氢原子的信息纳入晶体结构精细化对理解电子转移反应非常重要。高电位铁硫蛋白（HiPIP）具有一个Fe4S4簇，表现出+2/+3氧化还原态，作为细胞色素bc1络合物到光合紫色细菌反应中心络合物的电子载体。最近，我们在SPring-8的BL41XU光束线中使用高能X射线（31 keV）成功收集到了0.48º分辨率的HiPIP数据。我们使用MoPro程序（2）进行多极细化，以在HiPIP的结构细化中考虑价层电子。多极参数的精细化应用于单构象残基原子、含两个氢原子的水分子和Fe4S4团簇。经过多极细化后，变形图清楚地显示了价壳层电子的分布，如羰基氧原子的孤对电子、芳香环中的键合电子和Fe4S4团簇中Fe原子的d轨道电子。变形图还显示了Fe4S4-（Cys-Sγ）4的S原子与蛋白质环境之间的静电相互作用。此外，我们在日本质子加速器研究中心（J-PARC）的iBIX光束线上进行了初步中子衍射实验，并使用尺寸为2.3 mm3的HiPIP晶体观察到高达1.17º分辨率的衍射点。在多极精细化中，氢原子的位置被固定在从小分子的中子晶体结构导出的标准键距，并且氢原子的原子位移参数被限制在其根原子的1.2或1.5倍。因此，HiPIP的高分辨率中子结构将改善多极精细化的结果。

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