到目前为止，已经报道了核酶、适配体、核糖体和tRNA等几种功能性非编码RNA的晶体结构。异常的结构基序和非互补碱基对对其功能很重要。在本研究中，我们确定了一种含有锶离子结合基序的不寻常RNA双链的晶体结构。化学合成了一种19mer RNA（5'-UUGUGGCCUU[Br]CGAAAAAGUC-3'），并通过变性PAGE进行纯化。结晶采用坐滴蒸汽扩散法。初始阶段采用SAD方法求解。原子参数以3.0Ω的分辨率进行了优化。19 mer RNA形成一种不寻常的反平行双链。在双工的两端，Watson-Crick G=C和A-U以及Wobble GoU和AoC碱基对形成。摆动C10oA14*对仅在酸性条件下通过A14*的N1质子化可用（*表示相反链的残留物）。两个氢键，N1-H（A14*）。。。O2（C10）和N6-H（A14*）。。。在碱基对中观察到N3（C10）。在双工的中心，形成两个剪切G11oA13*和G11*oA13碱基对。G11的Watson-Crick边缘和A12*的磷酸基团之间的GoA碱基对和氢键使两条RNA链之间的距离变短。因此，中心A12残基不能形成碱基对，但它与A12*发生堆叠作用。A12残基也与剪切的GoA碱基对的A13堆叠。因此，A13-A12-A12*-A13*堆叠柱形成在复式结构的次要凹槽处，剪切GoA碱基对的G11基底向次要凹槽倾斜。通过采用这种独特的结构，RNA双链在中心有一个Sr2+离子结合囊。水合Sr2+离子与G11和G11*的O6和N7结合。Sr2+离子被两条RNA链的四个磷酸基团包围。Sr2+离子被总共八个氢键紧紧捕获。
