蛋白酶体是具有巨大分子量的多催化蛋白质复合物。众所周知，泛素-蛋白酶体系统在调节蛋白水解中起着重要作用。26S蛋白酶体由两个19S调节组分和一个20S蛋白酶体组成。20S蛋白酶体形成桶形，由四个环组成，即α环和β环；每个环含有高度同源的7个α亚基（1～7）和7个β亚基（1~7），α环亚基的N末端尾部形成一个门以便于底物进入。1、2和5β亚基的酶活性各不相同；1为半胱天冬酶活性，2为胰蛋白酶活性，5为类糜蛋白酶活性。我们发现了一种新的蛋白酶抑制剂化合物a，它与蛋白酶体的相互作用较弱。为了阐明化合物A与蛋白酶体的结合方式，对与化合物A复合的20S蛋白质组进行了结构测定。分离和浓缩的20S蛋白酶体与化合物A共结晶。采用坐滴蒸汽扩散法，以0.1M MES-NaOH（pH 6.5）、35%MPD、50mM醋酸镁为储液溶液，10mg/ml蛋白酶体和20mM化合物A为样品溶液。晶体与之前的报告[1]同晶。在日本筑波光子工厂NW12A，使用ADSC Quantum 210r CCD探测器在100K下记录衍射图像。以酵母20S蛋白酶体[1RYP]的结构为起始模型，通过分子置换法确定初始相，并使用CCP4程序包中的Refmac5对带有配体的结构模型进行细化，在2.85℃时R值为16.5%。如上所述，在β-环的活性位点观察到了电子密度。化合物A的结合位点靠近β5亚基的Tyr170和Thr1。化合物A通过氢键与其残基弱结合。它与已知的有效蛋白酶体抑制剂硼替佐米的结合模式截然不同[2]。
