通过高分辨率电子显微镜，在许多晶体中获得了优于2º的分辨率。虽然这种分辨率足以解决原子间距问题，但传统上解释结构的方法是将实验图像与对比度计算进行比较。这种方法的一个缺点是，图像是二维投影，其中的信息总是被原子重叠所掩盖。生物物理学家为研究蛋白质而开发的3D电子晶体学已用于研究十字石的晶体结构。结构因子的振幅和相位是从高分辨率图像（LBL国家电子显微镜中心的Jeol ARM 1000）实验获得的，这些图像是从动态散射最小的薄区域的不同方向拍摄的。从五个方向的图像（包含59个独立反射，分辨率为1.38º）中，构建了一个三维电子势图，可以清楚地解析所有阳离子（铝、硅、铁，包括部分占据的阳离子）和所有O原子。这种方法在非均匀晶体中的小畴的晶体结构测定方面具有很大的潜力，而X射线分析是无法实现的。据估计，三维结构的测定应该只可能在大约十个单位单元宽的区域进行，并且不仅要解决原子位置问题，还要解决场地占用问题。该方法也适用于空间群的确定。
