熵最大化到最大似然，受最佳可用实验阶段和足够好的包络线的共同约束，可以带来显著的模型依赖图改进，即使在中等分辨率（3.1º）下也是如此[Xiang，Carter，Bricogne&Gilmore（1993）]。阿克塔·克里斯特。D类49, 193-212]. 在晶体结构测定中嗜热脂肪芽孢杆菌然而，色氨酸-tRNA合成酶（TrpRS）必须同时处理以下问题：（1）重原子衍生物严重缺乏同构性，导致启动相误差较大；和（2）最初鲜为人知的分子包膜。由于约束条件（包括相和包络线）在一开始就没有得到充分确定，因此之前应用的最大熵溶剂压平法并不成功。这不仅没有改善图谱，反而导致其质量下降，同时随着相位从5º左右的分辨率扩展到衍射数据的2.9º极限，对数似然增益急剧下降。通过识别强反射打破了僵局，这些强反射最初是非相位的，通过相反射的最大熵外推无法实现，并且通过排列这些反射的相位，以便对它们所代表的可能电子密度和包络变化的空间进行采样。通过连续的完全和不完全析因设计进行排列【Carter和Carter（1979）】。生物学杂志。化学。 254，12219-12223]，用于按“重整化”结构因子振幅降序选择的28个强反射。置换反射包括一个反射，其中通过反常散射（MIRAS）进行多次同晶置换的概率分布表明存在高优值的错误相位，因此具有较大的重整化结构因子。对与分子包络的计算和描述有关的六种不同的二进制选择进行了类似的排列。使用对数似然增益对置换实验进行评分，并使用多元回归最小二乘法分析每个主要效应的对比度。学生t吨测试为大部分排列反射以及与分子包络相关的所有六个假设提供了重要而可靠的指示。由此产生的相位改进使得在硒代蛋氨酸取代的TrpRS晶体的同晶差分傅里叶图中为十个硒原子中的九个指定位置（迄今为止无法获得）成为可能，从而解决了结构问题。相位互变异方法在根据所有可用的同构重定位相位信息生成改进的映射方面仍然很有用，因此在解决结构方面发挥了关键作用。这一过程挽救了四方TrpRS结构（现已解决）的相位，避免了同构的严重缺失。它代表了成熟的贝叶斯相位确定过程的首次应用[Bricogne（1988）]。《水晶学报》.A型44，517-545]对未知结构的解决方案，并证明了在中低分辨率数据中使用这些方法的可行性。
