最新消息
2022-08-03 3.6版可用于 下载
支持CUDA 11 支持Debian 11 分析工具的改进 设置工具的小修复和改进。 文档的小修复 修复了AngleSq电位中的错误 新增平滑LJ电位 向示例添加了SetVelocities()函数 更改了输出的默认值,以便自动选择的输出块大小至少为1024个时间步长。
2020年4月9日 3.5版可用于 下载
支持CUDA 10 转换到python3 使用swig 4构建 用于确定配置绝热的python脚本,绝热.py 贵元素的SAAP对电势 rumd_stats中列的正确顺序 主循环后额外调用CalcF,以确保运行完成后保存的配置的位置和力的一致性。 添加了SquaredDisplacementCalculator 流体动力学相关函数用于流体力学相关函数的在线计算 用于设置分子相互作用的用户界面已更改为与原子相互作用的界面更匹配, 用户可以在其中创建潜在对象,通过SetParams函数更改参数,并将其添加到模拟对象。
21/05 - 2019 3.4版可用于 下载
支持CUDA 9 增加了IntegratorNPTLangevin,允许使用Langevin恒温器运行NPT和NVT模拟。 也允许各向异性正压平衡。 IntegratorNVT构造函数的松弛时间参数。 尚不需要——默认值为0.2。 但这将在未来成为一项要求。 位置可以从Python中设置,例如允许使用Pythons中编码的最小化算法。 rumdmsd计算速度自相关函数。 新型输出调度limlin,允许在每个块的开始附近写入有限数量的等距配置。 例如,计算速度自相关函数很有用。 添加了用于转换为双精度的脚本。 支持多西根。 对约束算法的改进,也修复了分子大小不相等情况下的错误。 添加了基于POV-ray的可视化工具rumd_image。 添加了工具rumdhtml,用于将模拟转换为html页面。 固定到集合密度 各种地方的小修复和更新,包括文档。 对输出管理器进行一些内部重组,以简化并允许来自集成商和潜力的信息轻松包含在能源文件中。 MoleculeData的内部重组(正在进行的工作)。
21/07 - 2017 3.3版可用于 下载
增加了金属的“有效介质理论”多体原子间势 添加了Python 3兼容性 修复了一些小错误(例如邻居列表中的小内存泄漏) 设置和分析工具的小改进。 增加了对CUDA 8和GTX10XX/Pascal体系结构以及Debian 9的支持
02/06 - 2016 3.2版可用于 下载
修复由修复并行缩减错误引入的错误(包括在以下情况下覆盖其他数组 numParticles不是2的幂。 Axilrod-Teller潜力的小更新
27/04 - 2016 3.1版可用于 下载
一种新的积分器,IntegratorNPTAtomic,模拟NPT集成 用于原子系统(组合恒压器+恒温器) 库仑相互作用的特殊对势:Pot_ShiftedForceCoulomb (而不是使用n=1的IPL_n)。 库仑的长程部分 省略了交互,但对于批量系统来说,这不是问题。 性能优化:对于大分子系统,由于更新更好 排序后,对于一般分子系统,由于更好的排除列表处理, 和更快的分子内作用力(atomicAdd),以及具有多个 对电位(atomicAdd)。 用于创建原子系统配置文件的新rumd_init_conf工具 在各种晶格中(如rumd_init_conf_FCC等较老的晶格 存在但已弃用)。 用于创建分子系统配置文件的升级工具,已重命名 从rumd_sfg到rumd_init_conf_mol 能够在python脚本中设置粒子质量(与黑客攻击 配置文件) Python模块和函数RunCompress轻轻更改密度(尤其是 在设置分子构型时很有用) Python路径/包结构中的一些更改。 设置路径稍微 更简单,但需要更改现有脚本。 修复了两个错误:(1)非线程安全实现的竞争条件 恒温器中使用的并行还原总和。 这被证明为 大型系统的能量偶尔会有轻微的跳跃,但影响最小 物理相关量。 (2) 特定长度组合 非立方框被错误识别(模拟为立方框)。 删除了对势与分子力相加顺序的限制 (以任何一种方式正确执行排除) 更多输出受“verbose”标志控制 LESB和RSB现在在继承树中处于同一级别,在以下情况下消除了混淆 识别类型
16/03 - 2015 3.0版可用于 下载
版本3.0代表了一次重大升级,但大多数更改都是在幕后进行的,包括存储邻域列表并用于对力计算的方式、生成邻域列表的方式(实际上有两种不同的方式,适用于小型和大型系统)以及存储潜在参数的方式。 为了在最新的卡片上获得最佳性能,这些更改是必要的(开普勒)。 用户无需更改任何脚本。 从用户的角度来看,主要的变化(除了改进了性能外)是,模拟中不再存在硬编码的最大类型数,并且可以模拟大分子系统。 关于性能,自动调谐器负责选择最佳参数,但默认值在大多数情况下都能很好地工作。 请注意,界面的一些更改出现在2.1版的上次更新中; 请参阅版本2.1.2的发行说明。 2015年2月16日 2.1.2版可用于 下载
修复了几个错误:最值得注意的是 (1) 在某些情况下使用Lees-Edwards(例如在SLLOD模拟中)时,邻居列表的构建不正确。 (2) 忽略不正确的二面角。 功能/改进: 配置工具的改进(包括BCC晶体的新工具)。 增加指数对电势。 CalculateMoleculalStress现在计算由于存在所有PairPotentials(而不仅仅是一个)而产生的分子应力。 新的分析工具analyze_energies.py。 界面略有变化: 为了设置分子内作用力(键、约束、角度、二面体),关键字type被bondtype、angletype、dihedraltype替换。
23/06 - 2014 2.1.1版可用于 下载
与CUDA 5.5兼容。 修复了路径的小问题。 删除了分子系统中对系统大小的一些限制。 添加了新测试。 修复了两个小错误:一个涉及周期图像的正确计数 在影响分子应力计算的剪切系统中, 另一个涉及未正确确定的自由度 重新启动后。 添加到分析工具的功能。 其他一些小的改进。
09/12 - 2013 2.1版可用于 下载 主要新功能: 内存优化,允许超过一百万个粒子(但原子系统目前还没有分子) 分子系统运动积分器的SLLOD方程(使用SLLOD算法和恒温器的分子公式) 要包含在主循环中的用户定义的“运行时”操作 TetheredGroup类,用于通过弹簧将一组粒子绑定到一组晶格站点。 支持更多类型,默认情况下最大类型数为16。 自动调谐器的改进(速度和可靠性) 现在默认采用牛顿第三定律,因此无需同时调用i、j和j,i的SetParams。 分析工具的改进。
12/09 - 2013 2.0.2版可用于 下载 这是一个bug-fix版本。 修复了一个问题(自2.0版本以来一直存在) 当不同类型具有较大的截止距离时,缺少邻居 而不是相应的相似截止距离。 04/06 - 2013 2.0.1版可用于 下载 这是一个bug-fix版本: 修复了粒子排序的问题 缩放系统。 2013年5月31日 2.0版可用于 下载 主要新功能:(1)大型优化 系统通过空间排序和(2)自动调谐 自动选择最佳值的脚本 内部参数的值。 此外 有一些新的对势和分析 工具,改进了Python中的文档 (文档字符串)。 用户手册即将完成 很快就会在这里上市。 29/06 - 2012 1.2.2版可用于 下载 这是一个bug-fix版本:对 使用移位力时的压力维里 交互现在是正确的。 29/05 - 2012 1.2.1版可用于 下载 这是一个bug-fix版本: 加载重新启动文件后为零 正确地。 14/01 - 2012 1.2版可用于 下载 通过此版本,RUMD现在支持 约束/刚性结合模拟 键角相互作用 二面角相互作用 用户定义的更灵活的Python接口 运行时数据分析 标准蒙特卡罗模拟 势能最小化