欢迎光临
RNA折叠的最近邻参数在软件包中广泛使用,但目前还没有发布的源代码提供这些参数和使用指南。该数据库为社区提供了此功能,并将随着参数的改进而增长。该站点还将用于提供参数集的历史记录,因为这些参数集随后会被完善。
目录
RNA(特纳2004)
这些是特纳小组编译的RNA折叠的最近邻参数集。已经估算了37ºC下的自由能变化和焓变化,从而可以预测任意温度下的结构。可以下载文本格式或html格式的参数。提供了函数形式的描述和使用指南。
Mathews,D.H.、Disney,M.D.、Childs,J.L.、Schroeder,S.J.、Zuker,M.和Turner,D.H..(2004)将化学修饰约束纳入RNA二级结构预测的动态规划算法。程序。国家。阿卡德。科学。美国,101,7287-7292。
RNA(特纳1999)
这些是特纳小组在1999年编制的RNA折叠的最近邻参数集。这些参数用于估算37ºC下的自由能变化。可以下载文本格式或html格式的参数。提供了函数形式的描述和使用指南。
Mathews,D.H.、Sabina,J.、Zuker,M.和Turner,D.H(1999)热力学参数的扩展序列依赖性改进了对RNA二级结构的预测。分子生物学杂志。,288, 911-940.
DNA(RNA结构)
这些是马修斯小组编译的DNA折叠的最近邻参数集,并作为RNAstructure包的一部分发布。已经估算了37ºC下的自由能变化和焓变化,从而可以预测任意温度下的结构。可以下载文本和html格式的参数。提供了函数形式的描述和使用指南。
Reuter,J.S.和Mathews,D.H.(2010年)。RNA结构:RNA二级结构预测和分析软件。BMC生物信息学,11, 129.
RNA+m6A(Kierzek等人)
这些是用N折叠RNA的最近邻参数集6-甲基腺苷(m6A) 由Kierzek等人编制的修正。这些参数用于估算37ºC下的自由能变化。可以下载文本和html格式的参数。提供了功能形式的说明和使用教程。
Kierzek,E.,Zhang,X.,Watson,R.M.,Kierzeck,R.,Mathews,D.H.(2022年)。含N的RNA序列的二级结构预测6-甲基腺苷。自然通讯,13, 1271.