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ScanProsite工具
此表单需要启用JavaScript才能正常工作。
此表单允许您扫描蛋白质以匹配
PROSITE图案收集
也违背了你自己的模式。
/cgi-bin/prosite/PSScan.cgi
选项1-提交蛋白质序列,根据模体的原生质体集合对其进行扫描。
提交蛋白质序列(最多10个)或整个蛋白质自定义数据库(最多16 MB in
大小),并对照PROSITE基序的整个集合进行扫描。
这样您就有可能从扫描中排除配置文件
并以高灵敏度运行扫描。
/cgi-bin/prosite/PSScan.cgi
选项2-提交MOTIFS,对照蛋白质序列数据库对其进行扫描。
提交PROSITE图案、定制图案或后者的组合并扫描
针对蛋白质数据库。
蛋白质数据库的选择包括UniProtKB、PDB、自定义数据库或随机数据库
UniProtKB审查部分。
这样,您可以调整与扫描的图案相关的许多参数,例如
要报告匹配,它必须在序列中命中,或者要报告匹配序列必须满足的某些条件
比如有一个最小的尺寸。
/cgi-bin/prosite/PSScan.cgi
选项3-提交蛋白质序列和基序,以便相互扫描。
提交蛋白质序列(最多10个)或整个蛋白质自定义数据库(最多16 MB in
尺寸),并对照您选择的图案或图案组合进行扫描。
你。
图案或图案集合可以是PROSITE
图案、定制图案或后者的组合。
如果您提交PROSITE配置文件,则有可能进行扫描
以高灵敏度执行。
第1步-提交蛋白质序列
[
帮助
]
提交蛋白质序列(最多10个)
示例
提交蛋白质数据库(最大16MB)用于重复扫描(数据将在我们的服务器上存储1个月)。
支持的输入:
UniProtKB
加入,例如。
P98073页
或标识符,例如。
ENTK_胡曼
*
PDB公司
标识符,例如。
4DGJ公司
中的序列
FASTA格式
*属于
参考蛋白质组被接受。
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,
将数据库上传为FASTA文件以获取代码
第2步-选择选项
[
帮助
]
排除出现概率高的图案
从扫描中
排除配置文件
从扫描中
以高灵敏度运行扫描
(显示配置文件的弱匹配项)
第1步-输入MOTIF或MOTIFS组合
示例
[
帮助
]
支持的输入:
PROSITE加入,例如。
PS50240型
或标识符,例如。
胰蛋白酶_DOM
你自己的模式,例如。
P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
PROSITE访问/标识符的组合,例如。
PS50240和PS50068
,例如。
PS50240和否(PS00134或PS00135)
PROSITE添加/标识符和您自己的模式的组合,例如。
PS50240和P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
»更多
»选项
[
帮助
]
每个匹配序列的最小点击数
以下为:
配置文件选项
以高灵敏度运行扫描
(显示配置文件的弱匹配项)
图案选项
扫描序列中可以与模式中的保守位置匹配的X个字符数:
匹配模式
以下为:
贪婪、重叠、不包含
贪婪,重叠,包括
贪婪,没有重叠
不贪婪,重叠,不包含
不贪婪,重叠,包括
不贪婪,没有重叠
步骤2-选择蛋白质序列数据库
[
帮助
]
UniProtKB
瑞士-普罗特
包括同种型
TrEMBL(序列仅属于参考蛋白质组)
PDB公司
你的蛋白质数据库
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,
将数据库上传为FASTA
文件以获取代码
随机UniProtKB/Swiss-Prot
[
帮助
]
颠倒的
窗口20
排除片段(仅涉及UniProtKB)
»过滤器
[
帮助
]
长度大于等于:
长度小于等于:
关于分类法:
任何分类术语,例如。
智人
,例如。
真菌;
节肢动物门
或相应的
出租车ID
例如
9606
,例如。
4751;
6656
第1步-提交蛋白质序列
[
帮助
]
提交蛋白质序列(最多1’000)
示例
提交蛋白质数据库(最大16MB)用于重复扫描(数据将在我们的服务器上存储1个月)。
支持的输入:
UniProtKB
加入,例如。
P98073页
或标识符,例如。
ENTK_胡曼
*
PDB公司
标识符,例如。
4DGJ公司
中的序列
FASTA格式
*属于
参考蛋白质组被接受。
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,
将数据库上传为FASTA文件以获取代码
第2步-输入MOTIF或MOTIFS组合
示例
[
帮助
]
支持的输入:
PROSITE加入,例如。
PS50240型
或标识符,例如。
胰蛋白酶_DOM
你自己的模式,例如。
P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
PROSITE访问/标识符的组合,例如。
PS50240和PS50068
,例如。
PS50240和否(PS00134或PS00135)
PROSITE添加/标识符和您自己的模式的组合,例如。
PS50240和P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
»更多
»选项
[
帮助
]
配置文件选项
以高灵敏度运行扫描
(显示配置文件的弱匹配项)
图案选项
扫描序列中可以与模式中的保守位置匹配的X个字符数:
匹配模式
以下为:
贪婪、重叠、不包含
贪婪,重叠,包括
贪婪,没有重叠
不贪婪,重叠,不包含
不贪婪,重叠,包括
不贪婪,没有重叠
步骤3-选择输出选项并提交作业
输出格式
以下为:
图形视图
简单视图
文本
法斯塔
表
比赛选手
显示的最大匹配数
以下为:
1'000
10'000
10万(仅通过电子邮件)
如果选择100000,结果将通过电子邮件返回,并且并非所有输出格式都可用。
检索完整序列
以下为:
如果选择此选项,则并非所有输出格式都可用。
通过电子邮件接收您的结果
电子邮件
以下为:
请注意,并非所有输出格式都可用于电子邮件返回的结果。
职位名称
以下为:
如果可用,职务将包含在结果电子邮件的主题中。