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ScanProsite工具

此表单需要启用JavaScript才能正常工作。

此表单允许您扫描蛋白质以匹配PROSITE图案收集也违背了你自己的模式。

选项1-提交蛋白质序列,根据模体的原生质体集合对其进行扫描。
选项2-提交MOTIFS,对照蛋白质序列数据库对其进行扫描。
选项3-提交蛋白质序列和基序,以便相互扫描。



第1步-提交蛋白质序列[帮助]

提交蛋白质序列(最多10个) 示例
提交蛋白质数据库(最大16MB)用于重复扫描(数据将在我们的服务器上存储1个月)。


支持的输入: *属于参考蛋白质组被接受。
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,将数据库上传为FASTA文件以获取代码

第2步-选择选项[帮助]

排除出现概率高的图案从扫描中
排除配置文件从扫描中
以高灵敏度运行扫描(显示配置文件的弱匹配项)
第1步-输入MOTIF或MOTIFS组合 示例[帮助]


支持的输入:
  • PROSITE加入,例如。PS50240型或标识符,例如。胰蛋白酶_DOM
  • 你自己的模式,例如。P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
  • PROSITE访问/标识符的组合,例如。PS50240和PS50068,例如。PS50240和否(PS00134或PS00135)
  • PROSITE添加/标识符和您自己的模式的组合,例如。PS50240和P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
     »更多
»选项[帮助]
  • 每个匹配序列的最小点击数以下为:
  • 配置文件选项
  • 图案选项
    • 扫描序列中可以与模式中的保守位置匹配的X个字符数:
    • 匹配模式以下为:

步骤2-选择蛋白质序列数据库[帮助]

UniProtKB
     瑞士-普罗特包括同种型
     TrEMBL(序列仅属于参考蛋白质组)

PDB公司
你的蛋白质数据库
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,将数据库上传为FASTA文件以获取代码

随机UniProtKB/Swiss-Prot
[帮助]
     颠倒的
     窗口20

排除片段(仅涉及UniProtKB)

»过滤器[帮助]
  • 长度大于等于:
  • 长度小于等于:
  • 关于分类法:任何分类术语,例如。智人,例如。真菌;节肢动物门或相应的出租车ID例如9606,例如。4751; 6656
第1步-提交蛋白质序列[帮助]

提交蛋白质序列(最多1’000) 示例
提交蛋白质数据库(最大16MB)用于重复扫描(数据将在我们的服务器上存储1个月)。


支持的输入: *属于参考蛋白质组被接受。
如果您已经有数据库的代码,请输入代码:
否则,将数据库上传为FASTA文件以获取代码

第2步-输入MOTIF或MOTIFS组合 示例[帮助]


支持的输入:
  • PROSITE加入,例如。PS50240型或标识符,例如。胰蛋白酶_DOM
  • 你自己的模式,例如。P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
  • PROSITE访问/标识符的组合,例如。PS50240和PS50068,例如。PS50240和否(PS00134或PS00135)
  • PROSITE添加/标识符和您自己的模式的组合,例如。PS50240和P-x(2)-G-E-S-G(2)-[AS]
»更多
»选项[帮助]
  • 配置文件选项
  • 图案选项
    • 扫描序列中可以与模式中的保守位置匹配的X个字符数:
    • 匹配模式以下为:

  • 步骤3-选择输出选项并提交作业

    输出格式以下为:
    显示的最大匹配数以下为: 如果选择100000,结果将通过电子邮件返回,并且并非所有输出格式都可用。
    检索完整序列以下为: 如果选择此选项,则并非所有输出格式都可用。

    通过电子邮件接收您的结果
    电子邮件以下为: 请注意,并非所有输出格式都可用于电子邮件返回的结果。
    职位名称以下为: 如果可用,职务将包含在结果电子邮件的主题中。